Fundado por Gaetano Gandolfi en 1814, se encuentra en su sede actual desde 1936 y posee interesantes preparaciones decimonónicas realizadas principalmente por Antonio Alessandrini y Sebastiano Richiardi.
Ya organizado por Ercole Giacomini en los años treinta del siglo XX, fue reordenado a partir de 1973 con la incorporación de nuevas vitrinas y un recorrido expositivo de carácter didáctico-científico. Además de los numerosos esqueletos de vertebrados, entre los que destaca el del cachalote, Physeter macrocephalus, merecen mención las preparaciones relativas a los aparatos respiratorio, circulatorio, digestivo y urogenital.
Para las actividades didácticas están disponibles maquetas y modelos. Además, ofrece un recorrido táctil para personas con discapacidad, con preparaciones acompañadas de leyendas en Braille.
