Fundado por Gaetano Gandolfi em 1814, está localizado na sede atual desde 1936 e possui interessantes preparações do século XIX realizadas principalmente por Antonio Alessandrini e Sebastiano Richiardi.
Já organizado por Ercole Giacomini na década de 1930, foi reestruturado a partir de 1973 com a inserção de novas vitrines e um percurso expositivo de caráter didático-científico. Além dos numerosos esqueletos de vertebrados, entre os quais merece destaque o do cachalote, Physeter macrocephalus, destacam-se as preparações relativas aos aparelhos respiratório, circulatório, digestivo e urogenital.
Para as atividades didáticas, estão disponíveis maquetes e modelos. Além disso, oferece um percurso tátil para pessoas com deficiência, com preparações acompanhadas por legendas em Braille.
