Fondato da Gaetano Gandolfi nel 1814, si trova nella sede attuale dal 1936 e possiede interessanti preparati ottocenteschi eseguiti principalmente da Antonio Alessandrini e da Sebastiano Richiardi.
Già allestito da Ercole Giacomini negli anni Trenta del Novecento, è stato riordinato a partire dal 1973 con l’inserimento di nuove vetrine ed un percorso espositivo a carattere didattico-scientifico. Oltre ai numerosi scheletri di vertebrati, tra cui degno di nota è quello del capodoglio, Physeter macrocephalus, meritano segnalazione i preparati relativi agli apparati respiratorio, circolatorio, digerente e urogenitale.
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Per le attività didattiche sono disponibili plastici e modelli. Propone inoltre un percorso tattile per i diversamente abili, con preparati corredati da didascalie in Braille.
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