Fondé par Gaetano Gandolfi en 1814, il se trouve dans son emplacement actuel depuis 1936 et possède des préparations intéressantes du XIXe siècle réalisées principalement par Antonio Alessandrini et Sebastiano Richiardi.
Déjà aménagé par Ercole Giacomini dans les années trente du XXe siècle, il a été réorganisé à partir de 1973 avec l’ajout de nouvelles vitrines et un parcours d’exposition à caractère didactique et scientifique. Outre les nombreux squelettes de vertébrés, dont celui du cachalot, Physeter macrocephalus, qui mérite une mention particulière, les préparations relatives aux appareils respiratoire, circulatoire, digestif et urogénital méritent également d’être signalées.
Pour les activités pédagogiques, des maquettes et des modèles sont disponibles. Il propose également un parcours tactile pour les personnes en situation de handicap, avec des préparations accompagnées de légendes en Braille.
