Fondado por Gaetano Gandolfi em 1814, está localizado na sede atual desde 1936 e possui interessantes preparações do século XIX realizadas principalmente por Antonio Alessandrini e por Sebastiano Richiardi.
Já montado por Ercole Giacomini na década de 1930, foi reorganizado a partir de 1973 com a inserção de novas vitrines e um percurso expositivo de caráter didático-científico. Além dos numerosos esqueletos de vertebrados, entre os quais merece destaque o do cachalote, Physeter macrocephalus, são dignas de nota as preparações relativas aos sistemas respiratório, circulatório, digestivo e urogenital.
Para as atividades didáticas estão disponíveis maquetes e modelos. Propõe ainda um percurso tátil para pessoas com deficiência, com preparações acompanhadas de legendas em Braille.
