Um primeiro núcleo de antiguidades egípcias já estava presente em Florença no século XVIII, nas coleções mediceias, mas durante o século XIX foi amplamente ampliado pelo Grão-Duque da Toscana Leopoldo II, que, além de adquirir algumas coleções, financiou, junto com Carlo X rei da França, uma expedição científica ao Egito nos anos de 1828 e 1829. A expedição foi dirigida por Jean François Champollion, o decifrador dos hieróglifos, e pelo pisano Ippolito Rosellini, que se tornaria o pai da egiptologia italiana, amigo e discípulo de Champollion.
Os numerosos objetos coletados durante a viagem, tanto por escavações arqueológicas quanto comprando artefatos de comerciantes locais, foram divididos igualmente na volta entre o Louvre de Paris e Florença.
Em 1855 foi formalmente instituído o Museu Egípcio de Florença e em 1880 o egiptólogo piemontês Ernesto Schiaparelli, futuro diretor do Museu Egípcio de Turim, foi encarregado de transferir e reorganizar as antiguidades egípcias na sede atual, junto com o Museu Arqueológico: com Schiaparelli as coleções florentinas tiveram um novo e notável incremento.
O último conjunto de coleções recebidas pelo Museu Egípcio de Florença consiste em doações de particulares e instituições científicas: em especial, merecem destaque os artefatos doados pelo Instituto Papirológico Florentino, provenientes das escavações realizadas no Egito entre 1934 e 1939.
Atualmente o Museu Egípcio de Florença conta com mais de quatorze mil artefatos, distribuídos em nove salas em grande parte renovadas, e dois depósitos: a coleção inclui material que vai da pré-história à Época Copta, com notáveis coleções de estelas, vasos, ushabtis, amuletos e bronzes de várias épocas.
Entre os numerosos objetos importantes e interessantes destacam-se algumas estátuas da época de Amenófis III, o carro da XVIII dinastia, o pilar do túmulo de Seti I, o cálice de faiança de boca quadrada, o acessório da ama da filha do faraó Taharqa, o retrato de mulher do Fayum, a coleção de tecidos da Época Copta, bem como uma importante coleção de moldes em gesso do final do século XIX. Museu Egípcio de Florença – Via della Colonna, 38 – Florença
