佛罗伦萨早在十八世纪的美第奇收藏中就已有一批埃及古物，但十九世纪期间，由于托斯卡纳大公利奥波德二世（Granduca di Toscana Leopoldo II）的大力支持，这批收藏得到了显著的扩展。除购买多批藏品外，他还与法国国王查理十世（Carlo X re di Francia）资助了1828至1829年间一次前往埃及（Egitto）的科学考察。此次考察由象形文字破译者让-弗朗索瓦·商博良（Jean François Champollion）和意大利皮萨人、意大利埃及学之父、商博良的好友及学生伊波利托·罗塞里尼（Ippolito Rosellini）率领。
他们在考察期间通过考古发掘并从当地商贩处采购了大量物品，回程后这些收藏均等分配于巴黎卢浮宫（Louvre di Parigi）和佛罗伦萨。
1855年，佛罗伦萨埃及博物馆正式成立。1880年，来自皮埃蒙特的埃及学家埃尔内斯托·斯基亚帕雷利（Ernesto Schiaparelli）被委派负责将埃及古物迁移并重新整理至现今展馆，该馆与考古博物馆合并。在斯基亚帕雷利的领导下，佛罗伦萨藏品得到了极大的丰富。
最后一批收藏主要由个人及科研机构捐赠，特别是来自佛罗伦萨纸草文献研究所（Istituto Papirologico Fiorentino）于1934年至1939年埃及发掘出的文物。
如今佛罗伦萨埃及博物馆收藏超过一万四千件文物，分布于九个多经过翻新的展厅及两个仓库中，藏品涵盖从史前时期至科普特时期，拥有大量碑刻、陶器、尸体小像、护身符和各类青铜器。
众多重要且引人兴趣的展品包括阿蒙霍特普三世（Amenofi III）时期的若干雕像、第十八王朝战车、塞提一世墓室的柱石（pilastro della tomba di Sety I）、方口法恩斯釉杯、法老塔哈尔卡女儿的乳母陪葬品、法尤姆女性画像、科普特时期织物收藏以及十九世纪末的重要石膏模型收藏。佛罗伦萨埃及博物馆 – Via della Colonna, 38 – 佛罗伦萨
