Ein erster Kern ägyptischer Altertümer war bereits im 18. Jahrhundert in Florenz in den Medici-Sammlungen vorhanden, wurde jedoch im Laufe des 19. Jahrhunderts vom Großherzog von Toskana Leopold II. erheblich erweitert, der neben dem Kauf einiger Sammlungen auch zusammen mit Karl X., König von Frankreich eine wissenschaftliche Expedition nach Ägypten in den Jahren 1828 und 1829 finanzierte. Die Expedition wurde von Jean François Champollion, dem Entzifferer der Hieroglyphen, und dem Pisaner Ippolito Rosellini, der später als Vater der italienischen Ägyptologie galt und Freund sowie Schüler von Champollion war, geleitet.
Die zahlreichen auf der Reise gesammelten Gegenstände, sowohl aus archäologischen Ausgrabungen als auch aus dem Kauf bei lokalen Händlern, wurden bei der Rückkehr gleichmäßig auf den Louvre in Paris und Florenz verteilt.
1855 wurde das Ägyptische Museum Florenz offiziell gegründet, und 1880 wurde der piemontesische Ägyptologe Ernesto Schiaparelli, später Direktor des Ägyptischen Museums Turin, damit beauftragt, die ägyptischen Altertümer im heutigen Gebäude zusammen mit dem Archäologischen Museum zu überführen und neu zu ordnen: Unter Schiaparelli erfuhren die florentinischen Sammlungen einen bedeutenden Zuwachs.
Die letzte Sammlung, die dem Ägyptischen Museum Florenz übergeben wurde, besteht aus Spenden von Privatpersonen und wissenschaftlichen Institutionen: Besonders erwähnenswert sind die Artefakte, die vom Florentinischen Papyrusinstitut stammen und zwischen 1934 und 1939 bei Ausgrabungen in Ägypten gefunden wurden.
Das Ägyptische Museum Florenz umfasst derzeit über 14.000 Objekte, verteilt auf neun größtenteils renovierte Säle sowie zwei Depots: Die Sammlung umfasst Materialien von der Vorgeschichte bis zur koptischen Epoche mit bedeutenden Sammlungen von Stelen, Vasen, Uschabtis, Amuletten und Bronzefiguren aus verschiedenen Epochen.
Unter den zahlreichen wichtigen und interessanten Objekten sind insbesondere einige Statuen aus der Zeit Amenophis III., der Wagen der 18. Dynastie, die Säule im Grab von Sethos I., der Fayencekelch mit quadratischem Rand, die Ausstattung der Amme der Tochter des Pharaos Taharqa, das Frauenporträt aus dem Fayum, die Sammlung koptischer Stoffe sowie eine bedeutende Sammlung von Gipsabgüssen aus dem späten 19. Jahrhundert hervorzuheben. Ägyptisches Museum Florenz – Via della Colonna, 38 – Florenz
