Ya en el siglo XVIII, en las colecciones médiceas de Florencia existía un primer núcleo de antigüedades egipcias. Sin embargo, fue durante el siglo XIX cuando la colección se amplió considerablemente gracias al Gran Duque de Toscana Leopoldo II, quien, además de adquirir varias colecciones, financió junto a Carlos X rey de Francia una expedición científica a Egipto en 1828 y 1829. La expedición estuvo dirigida por Jean François Champollion, célebre por descifrar los jeroglíficos, y el pisano Ippolito Rosellini, considerado el padre de la egiptología italiana, amigo y discípulo de Champollion.
Durante el viaje, se recopilaron numerosos objetos, tanto mediante excavaciones arqueológicas como por compras a comerciantes locales. Al regresar, los hallazgos se repartieron a partes iguales entre el Louvre de París y Florencia.
En 1855 se fundó oficialmente el Museo Egipcio de Florencia y, en 1880, el egiptólogo piamontés Ernesto Schiaparelli, futuro director del Museo Egipcio de Turín, fue encargado de trasladar y reorganizar las antigüedades egipcias en la sede actual, junto al Museo Arqueológico. Con Schiaparelli, las colecciones de Florencia experimentaron un nuevo y notable crecimiento.
El grupo más reciente de piezas incorporadas al Museo Egipcio de Florencia proviene de donaciones de particulares e instituciones científicas. Merecen especial mención los objetos donados por el Instituto Papirológico Florentino, hallados en excavaciones realizadas en Egipto entre 1934 y 1939.
Actualmente, el Museo Egipcio de Florencia cuenta con más de catorce mil piezas, distribuidas en nueve salas renovadas y dos depósitos. La colección abarca desde la prehistoria hasta la época copta, con notables conjuntos de estelas, vasijas, ushabtis, amuletos y bronces de diferentes épocas.
Entre los objetos más destacados e interesantes figuran estatuas de la época de Amenofis III, un carro de la XVIII dinastía, el pilar de la tumba de Seti I, una copa de fayenza de boca cuadrada, el ajuar funerario de la nodriza de la hija del faraón Taharqa, un retrato de mujer del Fayum, la colección de tejidos coptos, además de una valiosa serie de moldes de yeso de finales del siglo XIX. Museo Egipcio de Florencia – Via della Colonna, 38 – Florencia

