A Certosa de Valsainte era composta por 12 celas agrupadas em torno da igreja e do cemitério. Teve 5 séculos de vida ativa e, quando no final da Idade Média passou sob o domínio de Friburgo, começou um período muito conturbado devido às repetidas interferências do poder civil nos assuntos religiosos.
Após a Reforma, o bispo de Lausanne, privado da sua Catedral e expulso da sua cidade, refugiou-se em Friburgo onde permaneceu sem recursos. Roma solicitou ao governo de Friburgo uma intervenção em seu favor; este respondeu à Santa Sé para suprimir uma das duas certosas que existiam no cantão, a fim de poder atribuir os bens confiscados ao Bispo e às instituições eclesiásticas da cidade, que enfrentavam dificuldades financeiras.
Por dois séculos o Estado Pontifício se opôs a essa solicitação, mas no final cedeu às demandas do governo e em 1778 concedeu o decreto de supressão. Os religiosos de Valsainte foram assim enviados para a certosa de Part-Dieu, perto de Bulle, e todos os bens passaram para as mãos do cantão de Friburgo, que fechou o mosteiro.
Durante a Revolução Francesa a certosa tornou-se refúgio temporário dos monges trapistas e depois dos Redencionistas, depois foi abandonada e caiu em ruínas. Em 1848 a certosa de Part-Dieu foi por sua vez suprimida. Em 1861, os antigos monges de Part-Dieu, autorizados a se reunir novamente em comunidade, tentaram reconquistar sua sede, mas não foi possível e então voltaram sua atenção para a certosa de Valsainte.
Conseguiram ocupar tanto a parte que naquele meio tempo se tornara propriedade de um particular, quanto uma parte do antigo assentamento e a parte ao norte do palácio. O estado lhes doou metade da igreja que servia como capela para o povo local (a outra metade estava quase em ruínas), e a parte sul do palácio. Assim, a certosa foi reconstruída sobre suas próprias fundações. A vida monástica retomou-se regularmente em 1863 e desde então não foi mais interrompida.
Em 1861, os religiosos da França foram ameaçados de expulsão, e para poder alojá-los foi construído um novo setor com 7 celas e um novo palácio. A expulsão ocorreu em 1901 e foi de tal magnitude que foi necessário construir ainda mais celas e ampliar a igreja, o refeitório e o claustro. Atualmente, a Certosa de Valsainte pode acomodar 38 Padres e 25 Irmãos, e o interior da igreja foi restaurado em 1971.
A Certosa de Valsainte faz parte da Ordem fundada por São Bruno nas montanhas da Cartuxa perto de Grenoble no século XI. O cartuxo leva uma vida de eremita, embora viva junto com seus confrades. Ele passa a maior parte do tempo em seu quarto, geralmente composto por uma cela e um jardim. Em Valsainte, porém, a cela dos monges tem 2 níveis e é dividida em vários ambientes: um para exercícios espirituais, outro para estudos, depois há um pequeno laboratório para trabalho manual e o quarto para descanso. Cada monge, portanto, dispõe de um espaço muito amplo para se alongar física e espiritualmente.
