La Cartuja de Valsainte estaba formada originalmente por 12 celdas alrededor de la iglesia y el cementerio. Permaneció activa durante cinco siglos y, al final de la Edad Media, pasó a estar bajo el control de Friburgo, comenzando así una época conflictiva por la constante intervención civil en los asuntos religiosos.
Después de la Reforma, el obispo de Lausana, despojado de su Catedral y expulsado de la ciudad, buscó refugio en Friburgo, donde quedó sin recursos. Roma solicitó al gobierno de Friburgo que le brindara ayuda; la respuesta a la Santa Sede fue suprimir una de las dos cartujas del cantón y destinar sus bienes confiscados al obispo y otras instituciones religiosas de la ciudad, que atravesaban dificultades económicas.
Durante dos siglos, los Estados Pontificios se opusieron a esta medida, pero finalmente, en 1778, cedieron ante la presión del gobierno y aprobaron la supresión. Los monjes de Valsainte fueron trasladados a la cartuja de Part-Dieu, cerca de Bulle, y todos los bienes quedaron bajo el control del cantón de Friburgo, que cerró el monasterio.
En la época de la Revolución Francesa, la cartuja se convirtió en refugio temporal para monjes trapenses y después para redentoristas, pero más tarde fue abandonada y cayó en ruinas. En 1848 también se suprimió la cartuja de Part-Dieu. En 1861, los antiguos monjes de Part-Dieu, autorizados para volver a formar comunidad, intentaron recuperar su casa pero no fue posible, así que centraron su atención en la cartuja de Valsainte.
Consiguieron ocupar parte de la propiedad que había pasado a manos privadas, así como una sección del antiguo conjunto y la zona norte del edificio principal. El Estado les donó la mitad de la iglesia, utilizada como capilla para los vecinos (la otra mitad estaba en ruinas), y la zona sur del edificio. Así, la cartuja fue reconstruida sobre sus propias bases. La vida monástica se reanudó con regularidad en 1863 y no se ha interrumpido desde entonces.
En 1861, tras la amenaza de expulsión de los religiosos de Francia, se construyó una nueva ala con 7 celdas y otro edificio para acogerlos. Cuando la expulsión finalmente tuvo lugar en 1901, fue necesario construir aún más celdas y ampliar la iglesia, el refectorio y la clausura. Actualmente la Cartuja de Valsainte puede albergar a 38 padres y 25 hermanos, y el interior de la iglesia fue restaurado en 1971.
La Cartuja de Valsainte forma parte de la Orden fundada por San Bruno en las montañas de la Cartuja cerca de Grenoble en el siglo XI. Los cartujos llevan una vida eremítica, aunque viven en comunidad con sus hermanos. Pasan la mayor parte del tiempo en sus habitaciones, que suelen consistir en una celda y un pequeño jardín. En Valsainte, sin embargo, las celdas tienen dos plantas y diferentes espacios: uno para los ejercicios espirituales, otro para el estudio, un pequeño taller para el trabajo manual y una habitación para el descanso. Así, cada monje dispone de un ambiente amplio donde desarrollarse física y espiritualmente.
