Het Prehistorisch Etnografisch Museum van Rome werd op 14 maart 1876 geopend door Luigi Pigorini (1842-1925) in het centrum van de stad, in een vleugel van het Palazzo del Collegio Romano, gebouwd aan het einde van de zestiende eeuw door de Sociëteit van Jezus. Al sinds de zeventiende eeuw huisvestte het Jesuitencollege de verzameling antiek en diverse curiositeiten die door Pater Athanasius Kircher waren bijeen gebracht.
De Toezicht op het Nationaal Prehistorisch Etnografisch Museum “Luigi Pigorini” in Rome is sinds de oprichting het centrum van uitmuntendheid in onderzoek en promotie van het paleolithologisch en etno-antropologisch erfgoed dat in ons land wordt bewaard. De oorsprong als wetenschappelijke instelling en beschermingsorgaan gaat terug tot 1875, het jaar waarin het “Koninklijk Nationaal Prehistorisch Etnografisch Museum van Rome” werd opgericht in het Palazzo del Collegio Romano.
Volgens de intenties van de oprichter, Luigi Pigorini, werd de nieuwe instelling niet alleen opgericht om in een “centraal” museum, in de nieuwe hoofdstad van het Koninkrijk, documentatie te verzamelen van zowel de Italiaanse, Europese en niet-Europese prehistorische culturen als van de zogenaamde “primitieve” hedendaagse bevolkingsgroepen, maar vooral om een eenduidige wetenschappelijke benadering te geven aan de paleolithologische studies en onderzoeken in Italië.
Vanaf de oprichting vervulde het “Koninklijk Nationaal Prehistorisch Etnografisch Museum van Rome” dan ook een fundamentele rol in de promotie en coördinatie van opgravingen van Italiaanse prehistorische sites, waaraan zowel een intensieve en innovatieve activiteit in hoogwaardig onderwijs verbonden was met het geven van cursussen aan het museum van de eerste universitaire leerstoel Palethnologie in Italië, als een voortdurende en uitzonderlijke wetenschappelijke verspreidingsactiviteit met de oprichting, in hetzelfde jaar als het museum werd opgericht, van een van de eerste Europese tijdschriften gewijd aan prehistorische disciplines, het Bullettino di Paletnologia Italiana. In 1940 werd het museum de zetel van Toezicht (het Toezicht op Antiquiteiten van Rome V).
Ter gelegenheid van het VI Internationale Congres voor Prehistorische en Protohistorische Wetenschappen, gehouden in Rome in 1962, werd in het Palazzo delle Scienze, aan EUR, het “Museum van de Prehistorie en Protohistorie van Lazio” geopend, opgericht als permanente afdeling van het Nationaal Prehistorisch Etnografisch Museum “L. Pigorini”, nog steeds in het historische gebouw van het Collegio Romano.
In 1968, bij besluit van minister Gui (Ministerieel Besluit 4 maart 1968, art. 1, lid 5), werd het Toezicht van Rome V omgedoopt tot Toezicht op Prehistorie en Etnografie.
Tussen 1975 en 1977 werd het hele Nationaal Prehistorisch Etnografisch Museum verplaatst naar het Palazzo delle Scienze aan EUR, om de ruimtes van het Collegio Romano vrij te maken voor het nieuwe Ministerie van Cultuur en Milieu. Met de organisatie van het nieuwe Ministerie bleef het museum deel uitmaken van het Herbenoemde Bijzondere Instituut, de Bijzondere Toezicht op het Nationaal Prehistorisch Etnografisch Museum “L. Pigorini”.
In het kader van de wet tot oprichting van het Ministerie van Cultuur en Milieu werd aan het Bijzondere Toezicht de status bevestigd als technisch orgaan voor behoud, bescherming, museale en monumentale valorisatie en onderzoek op het gebied van zowel prehistorie en protohistorie als etnografie.
In de nieuwe organisatie van het Ministerie heet het Toezicht niet langer “Bijzonder”, maar haar institutionele taken zijn ongewijzigd gebleven.
 in het centrum van de stad, in een vleugel van het Palazzo del Collegio Romano, gebouwd aan het einde van de zestiende eeuw door de Sociëteit van Jezus.){kind=link}