El Museo Prehistórico Etnográfico de Roma fue inaugurado el 14 de marzo de 1876 por Luigi Pigorini (1842-1925) en el centro de la ciudad, en un ala del Palacio del Colegio Romano construido a finales del siglo XVI por la Compañía de Jesús. Desde el siglo XVII, el Colegio de los Jesuitas había alojado la colección de antigüedades y curiosidades reunida por el Padre Athanasius Kircher.
La Superintendencia del Museo Nacional Prehistórico Etnográfico “Luigi Pigorini” de Roma es, desde su fundación, el centro de excelencia en la investigación y promoción del patrimonio paletnológico y etnoantropológico conservado en nuestro país. Su origen, como institución científica y de protección, se remonta a 1875, año en que se fundó en el palacio del Colegio Romano el “Real Museo Nacional Prehistórico Etnográfico de Roma”.
Según las intenciones del fundador, Luigi Pigorini, la nueva institución nacía no solo para reunir en un museo “central”, en la nueva capital del Reino, la documentación tanto de las culturas prehistóricas italianas, europeas y extraeuropeas como de las culturas de las poblaciones llamadas “primitivas” contemporáneas, sino sobre todo para dar un enfoque científico unitario a los estudios e investigaciones paletnológicas en Italia.
Desde su fundación, el “Real Museo Nacional Prehistórico Etnográfico de Roma” desempeñó una función fundamental de promoción y coordinación de las excavaciones en los sitios prehistóricos italianos, junto con una intensa e innovadora actividad de formación avanzada mediante la realización, en el Museo, de los cursos de la primera cátedra universitaria de Paletnología establecida en Italia, así como una constante y extraordinaria actividad de divulgación científica con la creación, en el mismo año de fundación del Museo, de una de las primeras revistas europeas dedicadas a las disciplinas prehistóricas, el Boletín de Paletnología Italiana. En 1940, el Museo se convirtió en sede de Superintendencia (la Superintendencia de las Antigüedades de Roma V).
Con ocasión del VI Congreso Internacional de Ciencias Prehistóricas y Protohistóricas, que se celebró en Roma en 1962, se inauguró en el Palacio de las Ciencias, en EUR, el “Museo de la Prehistoria y Protohistoria Del Lacio”, instituido como sección permanente del Museo Nacional Prehistórico Etnográfico “L. Pigorini”, aún en la histórica sede del Colegio Romano.
En 1968, por decreto del Ministro Gui (D.M. 4 de marzo de 1968, art. 1, comma 5), la Superintendencia de Roma V fue denominada Superintendencia de Prehistoria y Etnografía.
Entre 1975 y 1977 todo el Museo Nacional Prehistórico Etnográfico fue trasladado al Palacio de las Ciencias en EUR, para dejar los locales del Colegio Romano al nuevo Ministerio para los Bienes Culturales y Ambientales. Con la organización del nuevo Ministerio, el Museo siguió formando parte del Instituto Especial renombrado como Superintendencia Especial del Museo Nacional Prehistórico Etnográfico “L. Pigorini”.
En el marco de la Ley constitutiva del Ministerio para los Bienes Culturales y Ambientales, a la Superintendencia Especial se le confirmó el estatus de órgano técnico para la conservación, tutela, valorización museística y monumental y la investigación tanto en el campo de la Prehistoria y Protohistoria como en el campo de la Etnografía.
En el nuevo ordenamiento del Ministerio la Superintendencia ya no es “Especial”, pero sus funciones institucionales permanecen inalteradas.
 en el centro de la ciudad, en un ala del Palacio del Colegio Romano construido a finales del siglo XVI por la Compañía de Jesús.){kind=link}