Das Vorgeschichtliche Ethnographische Museum von Rom wurde am 14. März 1876 von Luigi Pigorini (1842-1925) im Stadtzentrum eröffnet, in einem Flügel des Palazzo del Collegio Romano, der Ende des 16. Jahrhunderts von der Gesellschaft Jesu erbaut wurde. Bereits im 17. Jahrhundert beherbergte das Jesuitenkolleg die Sammlung von Altertümern und verschiedenen Kuriositäten, die von Pater Athanasius Kircher zusammengetragen worden war.
Die Superintendentur des Nationalmuseums für Vorgeschichte und Ethnographie „Luigi Pigorini“ in Rom ist seit ihrer Gründung ein Zentrum der Exzellenz in der Forschung und Förderung des in unserem Land bewahrten paläolithologischen und ethnoanthropologischen Erbes. Ihre Entstehung als wissenschaftliche und schützende Institution geht auf das Jahr 1875 zurück, in dem im Palazzo del Collegio Romano das „Königliche Nationalmuseum für Vorgeschichte und Ethnographie von Rom“ gegründet wurde.
Gemäß den Absichten des Stifters Luigi Pigorini entstand die neue Institution nicht nur, um in einem “zentralen” Museum in der neuen Hauptstadt des Königreichs die Dokumentation sowohl der italienischen, europäischen und außereuropäischen vorgeschichtlichen Kulturen als auch der sogenannten „primitiven“ zeitgenössischen Kulturen zu sammeln, sondern vor allem, um den paläolithologischen Studien und Forschungen in Italien eine einheitliche wissenschaftliche Ausrichtung zu geben.
Seit ihrer Gründung übernahm das „Königliche Nationalmuseum für Vorgeschichte und Ethnographie von Rom“ deshalb eine grundlegende Funktion bei der Förderung und Koordinierung der Ausgrabungen an vorgeschichtlichen Stätten in Italien, daneben entwickelte es eine intensive und innovative Tätigkeit in der Hochschulausbildung mit der Durchführung der ersten universitären Lehrstuhlkurses für Paläolithologie in Italien direkt im Museum sowie eine konstante und außergewöhnliche Wissenschaftskommunikation mit der Gründung im Gründungsjahr des Museums einer der ersten europäischen Fachzeitschriften für vorgeschichtliche Disziplinen, dem Bullettino di Paletnologia Italiana. Im Jahr 1940 wurde das Museum Sitz der Superintendentur (die Superintendentur der Altertümer von Rom V).
Anlässlich des VI. Internationalen Kongresses für Vorgeschichte und Frühgeschichte, der 1962 in Rom stattfand, wurde im Palazzo delle Scienze im EUR das „Museum für Vorgeschichte und Frühgeschichte von Latium“ eröffnet, das als ständige Abteilung des Nationalmuseums für Vorgeschichte und Ethnographie „L. Pigorini“ eingerichtet wurde, welches sich weiterhin im historischen Sitz des Collegio Romano befindet. 1968 wurde durch Ministerialdekret von Minister Gui (D.M. 4. März 1968, Art. 1, Absatz 5) die Superintendentur von Rom V in Superintendentur für Vorgeschichte und Ethnographie umbenannt.
Zwischen 1975 und 1977 wurde das gesamte Nationalmuseum für Vorgeschichte und Ethnographie in den Palazzo delle Scienze im EUR verlegt, um die Räumlichkeiten des Collegio Romano dem neuen Ministerium für Kulturgüter und Umwelt zur Verfügung zu stellen. Mit der Organisation des neuen Ministeriums blieb das Museum ein Teil des umbenannten Spezialinstituts, der „Spezial-Superintendentur des Nationalmuseums für Vorgeschichte und Ethnographie ‚L. Pigorini‘“.
Im Rahmen des Gründungsgesetzes des Ministeriums für Kulturgüter und Umwelt wurde der Spezial-Superintendentur der Status einer technischen Behörde für Erhaltung, Schutz, museale und monumentale Aufwertung sowie Forschung sowohl im Bereich der Vorgeschichte und Frühgeschichte als auch im Bereich der Ethnographie bestätigt.
Im neuen Aufbau des Ministeriums ist die Superintendentur nicht mehr „speziell“, jedoch blieben ihre gesetzlichen Aufgaben unverändert.
 im Stadtzentrum eröffnet, in einem Flügel des Palazzo del Collegio Romano, der Ende des 16. Jahrhunderts von der Gesellschaft Jesu erbaut wurde.){kind=link}