Le Musée Préhistorique Ethnographique de Rome a été inauguré le 14 mars 1876 par Luigi Pigorini (1842-1925) au centre de la ville, dans une aile du Palais du Collège Romain construit à la fin du XVIe siècle par la Compagnie de Jésus. Depuis le XVIIe siècle, le Collège des Jésuites abritait la collection d’antiquités et de curiosités diverses rassemblée par le Père Athanasius Kircher.
La Soprintendenza au Musée National Préhistorique Ethnographique “Luigi Pigorini” de Rome est, depuis sa création, le centre d’excellence pour la recherche et la promotion du patrimoine palethnologique et ethno-anthropologique conservé dans notre pays. Son origine, en tant qu’institution scientifique et de protection, remonte à 1875, année où fut fondé dans le palais du Collège Romain le “Musée National Royal Préhistorique Ethnographique de Rome”.
Selon les intentions du fondateur, Luigi Pigorini, la nouvelle institution a été créée non seulement pour rassembler dans un musée “central”, dans la nouvelle capitale du Royaume, la documentation des cultures préhistoriques italiennes, européennes et extra-européennes ainsi que des cultures des populations dites “primitives” contemporaines, mais surtout pour donner une orientation scientifique unifiée aux études et recherches palethnologiques en Italie.
Dès sa fondation, le “Musée National Royal Préhistorique Ethnographique de Rome” a donc exercé une fonction fondamentale de promotion et de coordination des fouilles des sites préhistoriques italiens, auxquelles s’est jointe une intense et innovante activité de formation supérieure avec la tenue, au Musée, des cours de la première chaire universitaire de Paléthnologie instituée en Italie, ainsi qu’une activité constante et extraordinaire de diffusion scientifique avec la création, la même année que le Musée, d’une des premières revues européennes dédiées aux disciplines préhistoriques, le Bulletin de Paléthnologie Italienne. En 1940, le Musée devint siège de la Soprintendenza (la Soprintendenza aux Antiquités de Rome V).
À l’occasion du VIe Congrès International des Sciences Préhistoriques et Protostoriques, qui eut lieu à Rome en 1962, fut inauguré dans le Palais des Sciences, à l’EUR, le “Musée de la Préhistoire et Protostorie du Latium”, établi comme section permanente du Musée National Préhistorique Ethnographique “L. Pigorini”, encore au siège historique du Collège Romain.
En 1968, par décret du Ministre Gui (D.M. 4 mars 1968, art. 1, alinéa 5), la Soprintendenza de Rome V fut renommée Soprintendenza à la Préhistoire et à l’Ethnographie.
Entre 1975 et 1977, tout le Musée National Préhistorique Ethnographique fut transféré au Palais des Sciences à l’EUR, afin de libérer les locaux du Collège Romain pour le nouveau Ministère des Biens et Activités Culturels. Avec l’organisation du nouveau Ministère, le Musée resta intégré à l’Institut Spécial renommé Soprintendenza Spéciale au Musée National Préhistorique Ethnographique “L. Pigorini”.
Dans le cadre de la loi instituant le Ministère des Biens et Activités Culturels, à la Soprintendenza Spéciale fut confirmé le statut d’organe technique pour la conservation, la protection, la valorisation muséale et monumentale et la recherche tant dans les domaines de la Préhistoire et Protostorie que dans celui de l’Ethnographie.
Dans la nouvelle organisation du Ministère, la Soprintendenza n’est plus “Spéciale”, mais ses missions institutionnelles sont restées inchangées.
 au centre de la ville, dans une aile du Palais du Collège Romain construit à la fin du XVIe siècle par la Compagnie de Jésus.){kind=link}