罗马史前民族学博物馆由路易吉·皮戈里尼（1842-1925）于1876年3月14日 inaugurato，位于市中心，设在由耶稣会于十六世纪末建造的罗马学院宫的一翼。早在十七世纪，耶稣会学院便收藏了由阿塔纳修斯·基舍尔神父收集的各种古代文物和奇珍异宝。
自成立以来，罗马“路易吉·皮戈里尼”国家史前民族学博物馆管理局 一直是我国在旧石器时代遗产和民族人类学领域的研究与推广中心。作为一个科学和保护机构，其起源可追溯至1875年，当年在罗马学院宫设立了“皇家国家史前民族学博物馆”。
按照创始人路易吉·皮戈里尼的设想，新机构不仅旨在于国家新首都集中展示意大利、欧洲及非欧洲的史前文化及所谓“原始”民族的当代文化，更重要的是为意大利的旧石器时代研究提供统一的科学框架。
自成立之初，“皇家国家史前民族学博物馆”就承担了促进和协调意大利史前遗址考古发掘的基本职责，同时博物馆还开展了教学活动，在馆内开设了意大利首个旧石器时代学大学课程，并于成立当年创办了欧洲最早的史前学科期刊之一——《意大利旧石器学报》。1940年，该馆成为监督管理机构（罗马第五文物保护局）的所在地。
1962年罗马举办第六届国际史前与原史科学大会期间，于EUR科学宫开设了“拉齐奥地区史前与原史博物馆”，作为“路易吉·皮戈里尼”国家史前民族学博物馆设在历史罗马学院宫总部的常设分馆。1968年，依据Gui部长令（1968年3月4日，第1条第5款），罗马第五监督管理局更名为史前与民族学监督管理局。
1975年至1977年间，整个国家史前民族学博物馆迁移至EUR科学宫，以腾出罗马学院宫场地供新成立的文化和环境遗产部使用。随着新部的组建，博物馆成为更名后的“路易吉·皮戈里尼”国家史前民族学博物馆特别监督管理局的一部分。
依据文化和环境遗产部成立法，该特别监督管理局被确认作为技术机构，负责史前及原史时代和民族学领域的文物保护、管理、博物馆与古迹价值提升和研究。
随着部内机构的新设置，监督管理局不再称为“特别”，但其职能保持不变。
