修道院の歴史については、1130年にヨハネという名の修道士によって編纂された写本『クロニコン・ヴォルトゥルネンセ』で知られており、この写本は8世紀から11世紀の修道院内の資料を引用しています。クロニコンによると、修道院の創設は8世紀初頭に遡り、3人のベネベントの貴族、パルド、タソ、タトによる隠遁生活の場所を探す過程でのものでした。選ばれた地域は、5～6世紀の教会跡や墓地の遺構から後期ローマ時代に頻繁に利用されていたことがわかります。
修道共同体にとって特に重要な年は787年で、カール大帝が修道院を直接保護下に置き、税制および司法上の免除権を与え、他の教会権威の干渉なしに修道院長を選出する権利を認めました。
この修道院の重要性は、ロンバルド王国ベネベント公国とフランクが征服した地の国境に位置する前哨基地としての役割にあり、849年にベネベント公国がサレルノとベネベントの従属領に分割された後も、サン・ヴィンチェンツォ・アル・ヴォルトゥルノ修道院は帝国直轄の自治体として残りました。
9世紀後半、サラセンの動きにより特に苦難の時期を迎え、881年10月の襲撃では修道院が大火に見舞われ甚大な被害を受け、生き残った修道士たちはカプアのロンバルド諸侯のもとへ避難を余儀なくされました。
修道院の再建は10世紀末にドイツ皇帝オットー2世とオットー3世の支援を受けて行われました。11世紀末にはノルマン人の脅威に対処するため、修道院はヴォルトゥルノ川の右岸により安全かつ防御しやすい場所に移され（いわゆる「新サン・ヴィンチェンツォ」）、
13世紀から15世紀にかけて修道院とその広大な領地（モリーゼ、アブルッツォ、ラツィオ、カンパニア、バジリカータ、プーリアに広がる）の衰退が始まり、1699年には最後の修道院長イニコ・カラッチョロの意向によりこれらはモンテカッシーノ修道院の管轄下に入りました。
