Über die Ereignisse des Klosters informiert uns das Chronicon Vulturnense, ein illuminiertes Manuskript, das 1130 von einem Mönch namens Giovanni verfasst wurde, der wiederum interne Quellen des Klosters aus dem 8. bis 11. Jahrhundert genutzt hatte. Die Gründung soll laut dem Chronicon Anfang des 8. Jahrhunderts erfolgt sein und drei wohlhabenden Beneventanern, Paldo, Taso und Tato, zu verdanken sein, die einen Ort suchten, um ein asketisches Leben zu führen. Das ausgewählte Gebiet wurde bereits in der Spätantike genutzt, wie die Überreste einer Kirche und eines Begräbnisgeländes aus dem 5. bis 6. Jahrhundert n. Chr. zeigen.
Ein besonders wichtiger Moment für die klösterliche Gemeinschaft war das Jahr 787, als Karl der Große das Kloster unter seinen direkten Schutz stellte, indem er ein Privileg erließ, das Steuer- und Gerichtsfreistellungen enthielt und der Gemeinschaft erlaubte, ihren Abt ohne Eingriffe anderer kirchlicher Autoritäten zu wählen.
Die Bedeutung der Abtei liegt an ihrer Stellung als Vorposten an der Grenze zwischen dem Langobardenfürstentum Benevent und den von den Franken eroberten Gebieten. Dies wird 849 hervorgehoben, als nach der Teilung des Fürstentums Benevent zwischen Salerno und Benevent das Kloster San Vincenzo al Volturno eine autonome Einheit blieb, die direkt der kaiserlichen Autorität unterstand.
Eine schwere Krise erlebte die klösterliche Gemeinschaft in der zweiten Hälfte des 9. Jahrhunderts durch die Bewegungen der Sarazenen, die im Oktober 881 in einen Überfall gipfelten, der mit einem Brand endete, der das Kloster stark beschädigte; infolgedessen mussten die überlebenden Mönche Zuflucht bei den langobardischen Fürsten von Capua suchen.
Der Wiederaufbau des Klosters erfolgte erst Ende des 10. Jahrhunderts mit Unterstützung der deutschen Kaiser Otto II. und Otto III. Ende des 11. Jahrhunderts wurde das Kloster wegen der Bedrohung durch die Normannen an das rechte Ufer des Volturno verlegt, an einen sichereren und besser verteidigbaren Ort (das sogenannte „San Vincenzo Nuovo“).
Im Laufe des 13. bis 15. Jahrhunderts begann der Niedergang und die Auflösung des klösterlichen Komplexes sowie seiner Ländereien (die sich über Molise, Abruzzen, Latium, Kampanien, Basilikata und Apulien erstreckten), die 1699 auf Befehl des letzten Abts Innico Caracciolo unter die Jurisdiktion der Abtei Montecassino gestellt wurden.
