フィレンツェにはすでに18世紀のメディチ家のコレクションにエジプトの古代遺物の初期の核が存在していましたが、19世紀に入り大幅に拡充されました。これは、トスカーナ大公レオポルド2世がいくつかのコレクションを購入しただけでなく、フランス王カルロ10世とともに1828年と1829年にエジプトへの科学探検隊を資金提供したことによります。この探検隊は、ヒエログリフを解読したジャン＝フランソワ・シャンポリオンと、ピサ出身のイッポリト・ロゼリーニ（イタリアのエジプト学の父であり、シャンポリオンの友人および弟子）が率いました。
旅の間に収集された多くの品物は、考古学的発掘を行ったり現地の商人から購入したもので、帰国後にパリのルーヴルとフィレンツェに均等に分けられました。
1855年に正式にフィレンツェエジプト博物館が設立され、1880年にはピエモンテ出身のエジプト学者エルネスト・スキアパレッリ（後のトリノエジプト博物館の館長）が、考古学博物館とともに現在の所在地へのエジプト遺物の移設と整理を担当しました。スキアパレッリのもとで、フィレンツェのコレクションは大幅に増強されました。
フィレンツェエジプト博物館に届いた最後のコレクション群は、個人や科学機関からの寄贈品で構成されています。特に、1934年から1939年にかけてエジプトで発掘されたもので、フィレンツェパピルス研究所から寄贈された遺物が有名です。
現在、フィレンツェエジプト博物館には1万4千点以上の遺物があり、主に改装された9つの展示室と2つの保管庫に分けて展示されています。コレクションは先史時代からコプト時代に及び、墓碑、壺、ウシャブティ、護符、様々な時代の小型青銅像の重要な収集があります。
多数の重要かつ興味深い品の中には、アメンホテプ3世時代のいくつかの像、第18王朝の戦車、セティ1世の墓の柱、角型口のファイアンスの杯、タハルカ王女の乳母の副葬品、ファイユームの女性の肖像、コプト時代の織物コレクション、そして19世紀末の重要なギプス鋳型のコレクションが含まれています。フィレンツェエジプト博物館 – Via della Colonna, 38 – フィレンツェ
