Для нового здания Университета был назначен архитектор Джулио Чезаре Фонтана, который начал реставрацию старой кавалерийской стойлы за воротами Санта-Мария-ди-Костантинополи: Дворец Учебы был открыт 14 июня 1615 года, хотя работы ещё не были окончены.
Карл Бурбон, взойдя на трон Неаполя, распорядился возобновить работы в Дворце Учебы; меры, принятые в последующие годы, направлены на возвращение университетскому комплексу должного вида и функциональности до его окончательного переезда в 1777 году в закрытый коллегиум монахов-иезуитов Святого Спасителя.
Закрытие религиозных орденов, декретированное правительствами Джузеппе Бонапарта и Джоакино Мюрата, с соответствующим конфискацией всей культурной собственности, создало предпосылки для создания библиотечного центра, доступного студентам университетского уровня.
В рамках распределения монастырских фондов, 27 сентября 1808 года министр внутренних дел Джузеппе Капечелатро подписал постановление, согласно которому Королевский университет может получить книги, принадлежавшие ранее закрытым монастырям и предназначенные для Королевского коллегиума, основанного в святом Спасителе.
В период с 1808 по 1810 годы префект библиотеки, физик и натуралист Джузеппе Антонио Руффа, собрал книги из монастырей Сан-Лоренцо, Санта-Мария-дей-Анджели, Сан-Пьетро-Мартире, Санита, Святых Апостолов, Святой Бригиды, Сан-Доменико-Маджоре.
К сожалению, финансирование и поставки, складируемые без порядка и учёта, и потому фактически недоступные, были прерваны в пользу нового мурратовского проекта по созданию Муниципальной библиотеки в древнем монастыре Монте-Оливето, названной в честь французского правителя, для которой в 1812 году были приобретены коллекции маркиза Франческо Такконе и Франческо Орландо, известных библиофилов.
Восстановление Бурбонов в 1815 году ознаменовало окончательный закат библиотеки Джоакчина и, наоборот, возрождение библиотеки королевских изучений, которой было выделено большое помещение на первом этаже коллегиума Святого Спасителя и первоначально вся библиотечная коллекция, накопленная в Джоакчине.
Однако в 1819 году королевский эдикт обязывает библиотеку Учебы передать все наиболее ценные книги Королевской библиотеке. В 1822 году вуз назначает нового руководителя — математика Винченцо Флаути, которому поручается создать “современную” и эффективную структуру: сортируются материалы, доставленные из Монте-Оливето, запускается печать каталога по авторам, разрабатываются подходящие регламенты по образцу Королевской. В январе 1827 года библиотека открыта для публики.
Ректор Микеле Теноре, ботаник международного уровня, в 1845 году, во время VII Конгресса учёных, обеспечивает библиотеку специальным фондом для подписки на итальянские и зарубежные научные журналы и периодические издания, что обновляет её библиотечное собрание.
После объединения Италии Университетская библиотека входит в число библиотек первого класса, и на пост директора сменяют друг друга известные библиотекари и учёные: Карло Нери (1861), Томмазо Гар (1863), Джулио Минервини (1867-1886). В эти годы библиотека приобретает особый культурный облик за счёт значительного увеличения фондов, полученных от закрытых религиозных корпораций в 1861 году, а также благодаря добровольным пожертвованиям преподавателей, и, прежде всего, за счёт постепенного увеличения финансирования, позволившего приобретать важные коллекции.
Библиотека обогатилась коллекциями Филиппо и Карло Кассола (химия), Франческо Бриганти (естественные науки), Паоло Панчери (зоология и сравнительная анатомия), Оронцо Габриеле Коста (палеонтология), Челестино Каведани (филология и археология); значительны также: дагиевая коллекция, подаренная в 1872 году Альфонсо делла Валье ди Казанова, богатая древними и ценными изданиями; библиотека Витторио Имбриани, преимущественно литературного и лингвистического интереса, пожертвованная его супругой Джиджиа Роснати в 1891 году; значительная коллекция юридических и литературных работ и брошюр, переданных в конце XIX века Доменико Вити и Доменико Де Пилла.
Во время руководства математиком Дино Паделлетти (1887), который отвечал за упорядочение периодики, инкунабул и альдинов с составлением специальных каталогов, сменили его Алессандро Моронони (1888-1895), при поддержке Сальваторе Ди Джакомо, Джузеппе Фумагалли (1895-1897), Эмидио Мартини (до 1900 года), а затем Альфонсо Миола, Мариано Фава, Гаэтано Бургарада, Джузеппе д’Элия и Джованни Бресциано до 1933 года. В начале XX века каталогизировались пожертвования Паделлетти, Баттаглини (математика) и Айеволи (медицина), которые укрепили научную идентичность библиотеки, заложенную во времена руководства Флаути.
Библиотека была восстановлена после землетрясения 1930 года, но во время последней войны получила серьёзные повреждения и утрачены ценные инкунабулы, работы Бодони и тома фонда Казанова, хранившиеся в монастыре миноритов Святого Франциска в Минтурно. После землетрясения 1980 года многочисленные реставрационные и укрепительные работы позволили усилить оборудование и значительно обновить услуги и инфраструктуру.
Но институциональные задачи охраны и сохранения не исчерпывают деятельность библиотеки, которая, глубоко укоренённая в городской ткани, предоставляет культурные услуги через постоянную модернизацию своей организации, позволяющую положительно реагировать на всё более многочисленный и разнообразный спрос.
