为新校区，委托建筑师朱利奥·凯撒·丰塔纳开始改造圣玛利亚·康斯坦丁诺波利门外的旧骑兵营：尚未完工的学习宫于1615年6月14日开放。
查尔斯·波旁登上那不勒斯王位后，命令恢复学习宫的建设；随后几年采取的措施旨在恢复大学综合体的体面和功能，直到1777年最终迁入被废除的耶稣会高级学院——救世主学院内部。
约瑟夫·博拿巴特和乔瓦基诺·穆拉特政府颁布宗教团体解散令，并征用所有文化财产，为建立一所可供大学层次使用者使用的图书中心奠定了基础。
在修道院资金分配框架内，内政部长朱塞佩·卡佩切拉特罗于1808年9月27日签署规定，皇家学习大学可以利用已被废除修道院原属、并划归救世主皇家学院的图书。
1808至1810年间，图书馆馆长、物理学家和博物学家朱塞佩·安东尼奥·鲁法收录了来自圣洛伦佐、圣玛利亚天使、圣彼得殉道者、健康、圣使徒、圣布里吉达、圣多米尼哥马乔雷修道院的图书。
不幸的是，资金和材料的供应因无序堆放和无任何登记而暂停，且事实上无法查阅，转而支持穆拉特的新项目，即在古老的蒙特奥利维托修道院内建立一座名为法国国王的市立图书馆，于1812年购买了著名藏书家弗朗西斯科·塔克内侯爵和弗朗西斯科·奥兰多的藏书。
1815年波旁王朝复辟标志着乔瓦奇纳图书馆的彻底终结，相反皇家学习图书馆获得复兴，被分配到救世主学院一楼大礼堂，最初包括乔瓦奇纳图书馆积累的全部藏书。
然而，1819年一项皇家法令强制学习图书馆将所有最有价值的图书移交给皇家图书馆。大学于1822年任命新的负责人，指定数学家文森佐·弗劳蒂负责建立“现代”高效的结构：将材料从蒙特奥利维托搬入书架，开始作者目录的印制，制定借鉴皇家图书馆的合适规章。1827年1月图书馆对公众开放。
国际知名植物学家校长米凯莱·特诺雷于1845年第七届科学家大会期间，为图书馆设立专门基金，订阅意大利及外国科学期刊和报纸，更新藏书。
统一之后，大学列为一类政府机构，历任馆长皆为知名图书管理员和学者：卡洛·内里（1861）、托马索·加尔（1863）、朱利奥·米内尔维尼（1867-1886）。此间，大学图书馆形成了独特的文化形象，藏书显著增加，既因1861年被废除宗教团体藏书被纳入，也有教师自愿捐赠，最重要的是财政投入逐步增长，购入重要藏书。
图书馆收藏包括菲利普和卡洛·卡索拉（化学）、弗朗西斯科·布里甘蒂（自然科学）、保罗·潘切里（动物学与比较解剖学）、奥朗佐·加布里埃莱·科斯塔（古生物学）、切莱斯蒂诺·卡韦达尼（语言学与考古学）的藏书；还有重要的丹特藏书，由阿方索·德拉瓦勒·卡萨诺瓦于1872年捐赠，藏有珍贵古版；1891年由其妻吉贾·罗斯纳蒂捐赠的维托里奥·因布里阿尼藏书，主要涉及文学与语言学；十九世纪末多梅尼科·维蒂和多梅尼科·德皮拉赠送了大量法学和文学作品及小册子。
数学家迪诺·帕德莱蒂（1887年上任）重新整理期刊、早期印刷品和阿尔丁印刷品，编制专门目录；继其后的馆长有亚历山德罗·莫罗尼（1888-1895），与萨尔瓦托雷·迪亚科莫合作，朱塞佩·富马加利（1895-1897）、埃米迪奥·马蒂尼（至1900年）以及阿方索·米奥拉、马里亚诺·法瓦、盖塔诺·布尔加达、朱塞佩·德利亚和乔瓦尼·布雷西亚诺至1933年。20世纪初，馆内对帕德莱蒂、巴塔利尼（数学）和艾沃利（医学）的捐赠进行了编目，进一步巩固了自弗劳蒂馆长以来的科学特色。
1930年地震后，图书馆修复；二战期间遭受严重毁损，失去珍贵的16世纪文献、博多尼文献及存放于明图诺圣弗朗西斯小修道院的卡萨诺瓦藏书。1980年地震后，众多修复和加固工程提升了设备能力，大幅改善服务和设施。
但图书馆的职责不仅限于保护和保存，其根植于城市文化，通过持续现代化改造，提供文化服务，有效满足日益增长且多样化的需求。
