アテネオの新しい本拠地のために、建築家ジュリオ・チェーザレ・フォンタナが任命され、サンタ・マリア・ディ・コンスタンティノポリ門外の旧騎兵隊馬小屋の改修を開始しました。完成していないままですが、1615年6月14日にスタディ宮殿が開館しました。
ナポリ王位に就いたカルロ・ディ・ボルボーネはスタディ宮殿の工事再開を命じ、その後数年にわたり大学施設に格式と機能性を取り戻す措置を講じ、1777年に廃止されたイエズス会のマッシモ大学校サルヴァトーレ校舎へ最終的に移転しました。
ジョセフ・ボナパルトとジョアッキーノ・ムラート政府による宗教団体の廃止と文化財の没収は、大学レベルの利用者が利用できる書籍センターの創設の基礎となりました。
修道院財産の分配の枠組みの中で、1808年9月27日、内務大臣ジュゼッペ・カペチェラトロは、王立大学が廃止された修道院に属していた書籍を受け取り、サルヴァトーレに設立された王立学院に充てることを認める勅令に署名しました。
1808年から1810年の間に、図書館長で物理学者かつ博物学者のジュゼッペ・アントニオ・ルッファは、サン・ロレンツォ、サンタ・マリア・デリ・アンジェリ、サン・ピエトロ・マルティーレ、サニタ、聖使徒教会、サンタ・ブリジダ、サン・ドメニコ・マッジョーレの修道院から書籍を収集しました。
残念ながら、資金と資料の支給は順序なく山積みされ目録もなく事実上利用不可能だったため中断され、新しいムラート計画に資金が回されました。この計画では、古いモンテ・オリベート修道院にフランス王にちなんだ市立図書館を創設し、1812年には著名な書籍愛好家であるフランチェスコ・タッコーネ侯爵とフランチェスコ・オルランドの蔵書が購入されました。
1815年のブルボン復古はジョアッキナ図書館の終焉を告げ、一方で王立図書館はサルヴァトーレ校舎の1階の大広間およびジョアッキナに蓄積された全蔵書を割り当てられ復興しました。
しかし1819年、王命により王立図書館は最も貴重な書籍を王室に引き渡す義務を負いました。1822年、数学者ヴィンチェンツォ・フラウティが新館長に任命され、「現代的」かつ効率的な体制を構築する任務を負いました。本はモンテ・オリベートから運ばれた棚に整然と配架され、著者別目録の印刷が始まり、王室図書館の規則を模した適切な規制が制定されました。1827年1月には一般公開されました。
1845年、第7回科学者会議の開催に際し、国際的に著名な植物学者である学長ミケーレ・テノーレは、イタリア及び海外の科学雑誌の購読資金を図書館に寄贈し、蔵書の更新を行いました。
イタリア統一直後、大学図書館は第一級の官立図書館に格上げされ、著名な図書館員や学者たちが館長を務めました：カルロ・ネリ（1861年）、トンマーゾ・ガル（1863年）、ジュリオ・ミネルヴィーニ（1867-1886年）。この時期、大学図書館は独自の文化的特徴を形成し、1861年に廃止された宗教団体の蔵書獲得、教員からの自主的寄贈、そして財政的支援の増加により重要なコレクションの購入が可能となり大幅に成長しました。
図書館にはフィリッポとカルロ・カッソラ（化学）、フランチェスコ・ブリガンティ（自然科学）、パオロ・パンチェリ（動物学および比較解剖学）、オロンツォ・ガブリエレ・コスタ（古生物学）、チェレスティーノ・カヴェダーニ（文献学および考古学）の蔵書が加わりました。さらに、1872年にアルフォンソ・デッラ・ヴァッレ・ディ・カサノヴァが寄贈した古く貴重な版が多数あるダンテ資料コレクション、1891年に妻ギジャ・ロズナーティから寄贈された文学・言語学関連のヴィットリオ・インブリアーニの書籍、19世紀末にドメニコ・ヴィティとドメニコ・デ・ピッラから寄贈された法学および文学関係の書籍や小冊子の大規模な収集も重要です。
数学者ディーノ・パデッレッティ（1887年館長）は、定期刊行物、初版本やアルディン印刷本の整理と専門目録の作成を担当し、その後、アレッサンドロ・モローニ（1888-1895年、サルヴァトーレ・ディ・ジャコモと協力）、ジュゼッペ・フマガッリ（1895-1897年）、エミディオ・マルティーニ（1900年まで）、さらにアルフォンソ・ミオラ、マリアーノ・ファヴァ、ガエターノ・ブルガーダ、ジュゼッペ・デリーア、ジョヴァンニ・ブレシアーノが1933年まで館長を務めました。20世紀初頭にはパデッレッティ、バッタリーニ（数学）、アイエヴォリ（医学）の寄贈品が目録化され、フラウティ館長以来の科学的アイデンティティが強化されました。
1930年の地震後に修復された図書館は、第二次世界大戦中に甚大な損害を受け、貴重な16世紀印刷本やボドニアン文献、カサノヴァ蔵書の一部がミントゥルノのサン・フランチェスコ軽修道士修道院にあった保存庫で失われました。1980年の地震以降、多数の修復・補強工事により設備強化とサービスと施設が大幅に刷新されました。
しかし、保護と保存という制度的な任務だけでなく、都市の生活に深く根ざした図書館は、絶え間ない組織の近代化を通して文化サービスを提供し、ますます多様で多数の利用者の需要に積極的に応えています。
