Para la nueva sede de la Universidad se encargó al arquitecto Giulio Cesare Fontana que inició la remodelación de la antigua caballeriza fuera de la puerta de S. María de Constantinopla: el Palacio de los Estudios, con los trabajos aún sin terminar, fue inaugurado el 14 de junio de 1615.
Carlos de Borbón, una vez ascendido al trono de Nápoles, ordena la reanudación de las obras del Palacio de los Estudios; las medidas adoptadas en los años siguientes buscan devolver al complejo universitario el decoro y la funcionalidad hasta su traslado definitivo, en 1777, al interior del suprimido Colegio Máximo de los Jesuitas al Salvador.
La supresión de las órdenes religiosas, decretada por el gobierno de José Bonaparte y Joaquín Murat, junto con la relativa requisición de todos los bienes culturales, sentó las bases para la activación de un centro bibliotecario accesible a una audiencia universitaria.
En el marco de la redistribución de los fondos monásticos, Giuseppe Capecelatro, ministro del Interior, firmó el 27 de septiembre de 1808 la disposición según la cual la Real Universidad de los Estudios podía beneficiarse de los libros ya pertenecientes a los monasterios suprimidos y destinados al Colegio Real instituido en el Salvador.
Entre 1808 y 1810 el Prefecto de la Biblioteca, el físico y naturalista Giuseppe Antonio Ruffa, reunió los libros procedentes de los monasterios de S. Lorenzo, S. María de los Ángeles, S. Pedro Mártir, Sanidad, Santos Apóstoles, S. Brígida, S. Domingo Mayor.
Lamentablemente la entrega de fondos y materiales, amontonados sin orden ni inventario, y por lo tanto, en la práctica, inconsultables, fue interrumpida a favor del nuevo proyecto muratiano que preveía, en el antiguo monasterio de Monte Oliveto, la fundación de una Biblioteca Municipal, dedicada al soberano francés, para la cual en 1812 se adquirieron las colecciones del marqués Francesco Taccone y de Francesco Orlando, destacados bibliófilos.
La restauración de los Borbones, en 1815, marcó el ocaso definitivo de la Biblioteca Gioacchina y, por el contrario, el relanzamiento de la de los Estudios Reales a la que se destinó el gran salón en el primer piso del Colegio al Salvador y, inicialmente, todo el patrimonio librario acumulado en la Gioacchina.
Sin embargo, en 1819, un edicto real obligó a la Biblioteca de los Estudios a entregar a la Real todos los libros de mayor valor bibliográfico. En 1822, la Universidad nombró a su nuevo responsable designando al matemático Vincenzo Flauti, a quien le correspondió la tarea de establecer una estructura “moderna” y eficiente: se ordenaron los materiales en las estanterías trasladadas desde Monte Oliveto, se inició la impresión del catálogo por autores y se formuló una adecuada reglamentación basada en la de la Real. En enero de 1827 la Biblioteca fue abierta al público.
El rector Michele Tenore, botánico de fama internacional, en ocasión de los trabajos del VII Congreso de Científicos, en 1845, dotó a la Biblioteca de un fondo especial para la suscripción a diarios y revistas científicas italianas y extranjeras, actualizando así su patrimonio bibliográfico.
Tras la Unificación, la Universitaria ingresó en la categoría de gobernativas de primera clase y en la dirección se sucedieron bibliotecarios y estudiosos famosos: Carlo Neri (1861), Tommaso Gar (1863), Giulio Minervini (1867-1886). Fueron años en los que la Biblioteca de la Universidad adquirió una particular fisonomía cultural registrando un notable incremento tanto por la adquisición de fondos de corporaciones religiosas suprimidas en 1861, como por donaciones espontáneas de profesores, pero sobre todo gracias a un progresivo aumento de los recursos financieros que permitió la compra de importantes colecciones.
La Biblioteca se enriqueció con las colecciones de Filippo y Carlo Cassola (química), de Francesco Briganti (ciencias naturales), de Paolo Panceri (zoología y anatomía comparada), de Oronzo Gabriele Costa (paleontología), de Celestino Cavedani (filología y arqueología); también son significativas: la colección dantesca donada en 1872 por Alfonso della Valle di Casanova, rica en ediciones antiguas y valiosas; la biblioteca de Vittorio Imbriani, de predominante interés literario y lingüístico, donada por su esposa Gigia Rosnati en 1891; la considerable colección de obras y folletos de carácter jurídico y literario ofrecida a finales del siglo XIX por Domenico Viti y Domenico De Pilla.
En la dirección del matemático Dino Padelletti (1887), a quien se debe la reorganización de los periódicos, incunables y aldinas, con la elaboración de catálogos especiales, siguieron la de Alessandro Moroni (1888-1895), con quien colaboró Salvatore Di Giacomo, Giuseppe Fumagalli (1895-1897), Emidio Martini (hasta 1900) y luego Alfonso Miola, Mariano Fava, Gaetano Burgada, Giuseppe d’Elia y Giovanni Bresciano hasta 1933. En los primeros años del siglo XX se catalogaron las donaciones Padelletti, Battaglini (matemáticas) y Aievoli (medicina) que reforzaron esa identidad científica conferida a la Biblioteca desde la dirección de Flauti.
Restaurada tras el terremoto de 1930, la Biblioteca sufrió, durante el último conflicto, graves daños y la pérdida de valiosas cincuentinas, bodonianas y volúmenes del fondo Casanova conservados en el Convento de los Frailes Menores de S. Francisco en Minturno. Después del terremoto de 1980, numerosas intervenciones de restauración y consolidación permitieron mejorar las instalaciones y renovar considerablemente los servicios y las estructuras.
Pero las funciones institucionales de protección y conservación no agotan la actividad de la Biblioteca que, profundamente arraigada en el tejido de la ciudad, ofrece un servicio cultural mediante la constante modernización de su organización capaz de responder positivamente a una demanda cada vez más numerosa y diversificada.

