Voor de nieuwe locatie van de universiteit werd architect Giulio Cesare Fontana aangesteld, die begon met de renovatie van de oude rijtuigenstalling buiten de poort van S. Maria di Costantinopoli: het Palazzo degli Studi, nog niet voltooid, werd op 14 juni 1615 geopend.
Karel van Bourbon, eenmaal op de troon van Napels, gaf opdracht om de werkzaamheden aan het Palazzo degli Studi te hervatten; de maatregelen die in de daaropvolgende jaren werden genomen, hadden tot doel het universitaire complex weer waardigheid en functionaliteit te geven tot de definitieve verhuizing in 1777 naar het opgeheven Collegio Massimo dei Gesuiti al Salvatore.
De opheffing van religieuze orden, uitgevaardigd door de regering van Giuseppe Bonaparte en Gioacchino Murat, met de bijbehorende inbeslagname van alle culturele goederen, legde de basis voor de oprichting van een bibliotheek die toegankelijk was voor universitaire gebruikers.
Binnen de verdeling van monastieke fondsen tekende Giuseppe Capecelatro, minister van Binnenlandse Zaken, op 27 september 1808 de beschikking, waarmee de Koninklijke Universiteit van Studen mocht profiteren van boeken die eerder toebehoorden aan opgeheven kloosters en bestemd waren voor het Koninklijk College dat was opgericht in Salvatore.
Tussen 1808 en 1810 nam de prefect van de bibliotheek, natuurkundige en natuuronderzoeker Giuseppe Antonio Ruffa, de boeken in beheer die afkomstig waren van de kloosters van S. Lorenzo, S. Maria degli Angeli, S. Pietro Martire, Sanità, SS. Apostoli, S. Brigida en S. Domenico Maggiore.
Helaas werden de financieringen en materialen, die ongeordend en zonder inventarisering waren opgeslagen en dus feitelijk niet raadpleegbaar waren, stopgezet ten gunste van het nieuwe Muratiaanse project dat in het oude klooster van Monte Oliveto de oprichting van een gemeentelijke bibliotheek voorzag, gewijd aan de Franse vorst, waarvoor in 1812 de verzamelingen van markies Francesco Taccone en Francesco Orlando, vooraanstaande bibliofielen, werden aangekocht.
De restauratie van de Bourbons in 1815 markeerde het definitieve einde van de Gioacchina-bibliotheek en juist de heropleving van die van de Koninklijke Studen, aan wie de grote zaal op de eerste verdieping van het Collegio al Salvatore werd toegewezen en aanvankelijk ook het hele boekenbezit van de Gioacchina.
In 1819 moest de Biblioteca degli Studi door een koninklijk edict echter alle boeken van hoge bibliografische waarde aan de Koninklijke Bibliotheek overdragen. In 1822 benoemde de universiteit haar nieuwe verantwoordelijke, de wiskundige Vincenzo Flauti, die de taak kreeg om een “moderne” en efficiënte structuur op te zetten: materialen werden georganiseerd in de boekenkasten die uit Monte Oliveto waren overgebracht, er werd begonnen met de druk van een catalogus per auteur en er werd een geschikte regelgeving opgesteld naar voorbeeld van die van de Koninklijke Bibliotheek. In januari 1827 werd de bibliotheek voor het publiek opengesteld.
Rector Michele Tenore, een internationaal gerenommeerde botanicus, richtte tijdens de werkzaamheden van het VIIe Congres van Wetenschappers in 1845 de bibliotheek uit met een speciale collectie abonnementen op Italiaanse en buitenlandse wetenschappelijke kranten en tijdschriften, waarmee het bibliografisch bezit werd geactualiseerd.
Na de eenwording hoorde de Universitaria tot de top overheidsbibliotheken en werden beroemde bibliothecarissen en geleerden directeur: Carlo Neri (1861), Tommaso Gar (1863), Giulio Minervini (1867-1886). Het waren de jaren waarin de bibliotheek van het universiteit bijzonder cultureel van karakter werd, met een aanzienlijke toename door de aanschaf van bibliotheken van de in 1861 opgeheven religieuze corporaties, spontane donaties van docenten en vooral een progressieve verhoging van de financiële middelen, waardoor belangrijke collecties konden worden gekocht.
De bibliotheek werd verrijkt met de collecties van Filippo en Carlo Cassola (scheikunde), Francesco Briganti (natuurwetenschappen), Paolo Panceri (zoologie en vergelijkende anatomie), Oronzo Gabriele Costa (paleontologie), Celestino Cavedani (filologie en archeologie); belangrijk waren ook: de Dante-collectie die in 1872 werd geschonken door Alfonso della Valle di Casanova, rijk aan oude en waardevolle edities; de bibliotheek van Vittorio Imbriani, met vooral literaire en taalkundige interesse, geschonken door zijn vrouw Gigia Rosnati in 1891; de omvangrijke verzameling juridische en literaire werken en brochures geschonken aan het eind van de negentiende eeuw door Domenico Viti en Domenico De Pilla.
Onder leiding van de wiskundige Dino Padelletti (1887), die verantwoordelijk was voor de herordening van tijdschriften, wiegendrukken en Aldines met de samenstelling van speciale catalogi, volgden de directies van Alessandro Moroni (1888-1895), met wie Salvatore Di Giacomo samenwerkte, Giuseppe Fumagalli (1895-1897), Emidio Martini (tot 1900), en daarna Alfonso Miola, Mariano Fava, Gaetano Burgada, Giuseppe d’Elia en Giovanni Bresciano tot 1933. In de eerste jaren van de twintigste eeuw werden de donaties van Padelletti, Battaglini (wiskunde) en Aievoli (geneeskunde) gecatalogiseerd, die de wetenschappelijke identiteit versterkten die de bibliotheek sinds de leiding van Flauti had gekregen.
Na de restauratie na de aardbeving van 1930 leed de bibliotheek tijdens de laatste oorlog zware schade en verloor kostbare 16e-eeuwse drukken, Bodoni-edities en boeken uit het Casanova-fonds die ondergebracht waren in het klooster van de minderbroeders van S. Francesco in Minturno. Na de aardbeving van 1980 maakten talrijke restauratie- en herstelwerkzaamheden een versterking van de uitrusting en een aanzienlijke vernieuwing van de diensten en structuren mogelijk.
Maar de institutionele taken van bescherming en bewaring beperken de activiteit van de bibliotheek niet, die diep geworteld is in het stedelijke weefsel en een culturele dienst levert door voortdurende modernisering van haar organisatie, waardoor ze kan voldoen aan een steeds grotere en diversere vraag.

