Музей, размещенный в четырнадцатого века дворце Палаццо дельл’Оспедале ди Санта Мария делла Морте — здании XIV века, перестроенном в 1875 году, был основан в 1881 году в результате слияния двух музеев: Университетского, наследника «Комнаты древностей» Академии наук, основанной Луиджи Фердинандо Марсили (1714), и Городского, недавно обогатившегося большой коллекцией художника Пеладжо Палаги (1860) и многочисленными экспонатами, найденными в удачных археологических раскопках в Болонье и её окрестностях во второй половине XIX и первых десятилетиях XX века.
Сформированный путем объединения университетских коллекций Альдрованди, Коспи и Марсили, богатой коллекции художника Пеладжо Палаги и археологических материалов, добытых при раскопках в Болонье и ее окрестностях, музей занимает одно из важнейших мест среди итальянских собраний.
Помимо египетской коллекции, одной из важнейших в Европе, среди исторических коллекций выделяются этрусско-итальянская и римская — откуда происходят экспонаты, дополняющие экспозицию «Художники Помпей» — также примечательна греческая коллекция, где хранится мраморная голова Афины Лемнийской, августейская копия бронзовой статуи Фидия, которая возвышалась у входа на Акрополь Афин в V веке до н.э.
В рамках богатой археологической документации Болоньи, освещающей самую древнюю историю города и окружающей территории от палеолита до римской эпохи, материалы этрусской цивилизации составляют важнейшее ядро музея, так как через тысячи погребальных комплектов они демонстрируют развитие Фельсины (этрусское имя Болоньи) с IX века до н.э. до начала IV века до н.э.
Широко документирована и жизнь римского города Бонуса, латинской колонии, основанной в 189 году до н.э. на месте этрусской Фельсины. Милиарии, остатки архитектурного декора и особенно многочисленные надгробные плиты, размещенные в атриуме и дворе, предоставляют яркий срез истории города в республиканскую и имперскую эпохи. Украшение театра, обнаруженного в современном центре города, связано с прекрасной безголовой статуей Нерона.
Коллекции музея дополняет один из важнейших в стране собраний нумизматики с более чем 100 000 экземпляров монет, медалей, штемпелей и штампов, а также Гипсотека.
Его фонд в первую очередь состоит из богатых коллекций материалов, документирующих археологию Болоньи от доисторического периода до римской эпохи, среди которых особенно выделяются многочисленные этрусские погребальные комплекты эпохи виллановской и фельсинской культуры. Современное оформление музея, значительно обновленное по сравнению с первоначальной экспозицией, разделено на секции, демонстрирующие экспонаты из Коллекций Палаги и Университетской (Египетская, Греческая, Этруско-итальянская и Римская залы) и посвященные истории города (Доисторический отдел, этрусский, каменный клад). Важные группы коллекций представлены в египетском отделе, где насчитывается около 3500 предметов, среди которых выделяются рельефы из гробницы фараона Хоремхеба, и который является одним из крупнейших в Европе.
Музей также хранит значительную нумизматическую коллекцию, насчитывающую около 100 000 монет и медалей. В недавно обновленном доисторическом отделе эволюция населения Болоньи представлена рядом каменных орудий палеолита и многочисленными артефактами, иллюстрирующими развитие неолита, медного и бронзового веков. Особое значение имеют находки из пещеры Фарнето, клад Рокка-ди-Бадоло (XVI век до н.э.) с сорока одной бронзовой топорной принадлежностью, а также артефакты из множества жилых поселений, в том числе из Сан-Джулиано-ди-Тоскаллана, откуда, среди прочего, происходит хорошо сохранившаяся металлическая форма для лезвия серпа и наконечников стрел. Выставку характеризует богатый этрусский раздел. Фаза виллановской Болоньи (IX-середина VI века до н.э.) иллюстрируется широким выбором из примерно четырех тысяч погребальных комплектов некрополей (среди прочих: Савена, Сан Витале, Беначчи, Арнольди), включающих предметы личного пользования, бронзовые инструменты, а также керамическую и бронзовую посуду. Здесь особенно выделяются знаменитый сосуд аскос Беначчи — очень редкая сосудистая форма, датируемая концом VIII века до н.э., и удивительный комплекс «клада Сан-Франческо», найденного в одноименной базилике: литейный склад, состоящий из большого амфора, содержащего более 14 тысяч бронзовых изделий, целых и фрагментированных, как местного, так и иного происхождения.
Полностью урбанизированная фаза Фельсины, этрусской Болоньи (фаза «Чертоза» или фельсинская) вновь преимущественно представлена погребальными наборами, среди которых выделяются исключительные комплексы «Большой могилы» и «Могилы с табуретом», относящиеся к некрополю Джардини Маргерита. От некрополя Чертоза названа важная бронзовая ситула с изображениями военной, гражданской и религиозной жизни. Значительным является также ядро из около двухсот пятидесяти фигурных стел из песчаника, служивших знаками самых престижных могил. Виллановской культуре Веруккио — главного поселения Романьи раннего железного века — посвящена зал с княжеской гробницей, характеризующейся богатым деревянным инвентарём. Что касается римского периода, в атриуме выставлен мраморный доспеховый торс императора Нерона, найденный в XVII веке в районе театра (Пьяцца деи Челестини), а между атриумом и двором размещается богатая коллекция надгробий, датируемых преимущественно I веком до н.э. — I веком н.э., представляющая интерес как с точки зрения ономастического и магистратского документа, так и по свидетельствам некоторых декоративных сцен, связанных с профессией покойного. Во дворе расположены также несколько милевых камней с Виа Эмилия.
Переходя к секциям, посвящённым коллекционным предметам, в зале этрусско-итальянских древностей выделяются буккеры, а среди зеркал — знаменитая «копия Коспианской патеры». В греческом отделе экспонируется знаменитая мраморная голова Афины Лемнийской из коллекции Палаги, красивая августейская копия бронзового оригинала Фидия. Значительна серия греческой и магнегреческой керамики, а также камей и ювелирных изделий. Особого упоминания заслуживает египетская коллекция — одна из самых важных в Европе, преимущественно из фонда Палаги, недавно обновленная, насчитывающая более трех тысяч предметов, таких как саркофаги, стелы, ушабти и различные артефакты, документирующие три тысячи лет цивилизации. Среди наиболее значимых экспонатов — рельефы из гробницы Хоремхеба в Саккара (XIII век до н.э.), памятник, вновь открытый недавними раскопками, которому посвящено видео с компьютерной графикой. Музей оснащён компьютерным отделом с несколькими рабочими станциями для посетителей, позволяющими исследовать и углублять знания о богатом музейном наследии.
Выставочный зал, расположенный на первом этаже, представляет собой почти 1000 кв.м функционального пространства, подходящего для проведения выставок большого значения: за последние 40 лет здесь было представлено сотни временных экспозиций, как производимых самим музеем, так и организованных в сотрудничестве с другими партнерами.
Музей также известен качеством образовательных программ и непрерывного образования, что делает его первоочередным центром анализа музейных образовательных практик.
Фундаментальное значение для развития постоянного наследия имеют отношения с другими национальными и международными учреждениями, связанные с деятельностью по историческим и научным исследованиям, о чём свидетельствуют многочисленные проекты и значительное количество выдач экспонатов, которыми музей ежегодно занимается.
