Il museu, hospedado no quinhentista Palazzo dell’Ospedale di Santa Maria della Morte – edifício quinhentista reformado em 1875 – nasce em 1881 da fusão de dois museus, o Universitário, herdeiro da “Sala das Antiguidades” da Academia de Ciências fundada por Luigi Ferdinando Marsili (1714), e o Municipal, recentemente enriquecido pela grande coleção do pintor Pelagio Palagi (1860) e por inúmeros artefatos provenientes das exitosas campanhas de escavação realizadas em Bolonha e no território circundante entre a segunda metade do século XIX e as primeiras décadas do século XX.
Formado pela união das coleções universitárias Aldrovandi, Cospi e Marsili, pela rica coleção do pintor Pelagio Palagi e pelos materiais arqueológicos provenientes das escavações de Bolonha e seu território, o museu está entre as mais importantes coleções italianas.
Além da coleção egípcia, uma das mais importantes da Europa, entre as coleções históricas, ao lado da etrusco-italiana e da romana – da qual provêm os artefatos que enriquecem o percurso da exposição Os Pintores de Pompeia –, destaca-se a coleção grega, que conserva a cabeça em mármore de Atena Lemnia, cópia da era augustana da estátua de bronze de Fídias que dominava a entrada da Acrópole de Atenas no século V a.C.
No âmbito da rica documentação arqueológica boloñesa, que ilustra a história mais antiga da cidade e do território circundante do paleolítico até a era romana, os materiais da civilização etrusca representam o núcleo mais importante do museu porque, através de milhares de ajuntamentos funerários, documentam o desenvolvimento de Felsina (o nome etrusco de Bolonha) do século IX a.C. até o início do século IV a.C.
Também está amplamente documentada a vida da cidade romana de Bonônia, colônia latina fundada em 189 a.C. no local da etrusca Felsina. Os miliários, os restos de decorações arquitetônicas e especialmente as numerosas lápides, dispostas no átrio e no pátio, oferecem um panorama vibrante da história da cidade na época republicana e imperial. A decoração do teatro, descoberta no atual centro da cidade, é atribuída à bela estátua decapitada de Nero.
Complementam as coleções do museu uma das coleções numismáticas mais importantes do nosso país, com mais de 100.000 exemplares entre moedas, medalhas, punções e moedas matriz, e a Gipsoteca.
Seu patrimônio é constituído principalmente pelas ricas coleções de materiais que documentam a arqueologia boloñesa desde a pré-história até a era romana, entre os quais se destacam os numerosos ajuntamentos funerários etruscos da era villanoviana e felsínea. A organização do museu, hoje amplamente renovada em relação à exibição original, está articulada nas seções que exibem artefatos provenientes das Coleções Palagi e Universitária (Salas Egípcia, Grega, Etrusco-Itálica e Romana), e nas que documentam a história da cidade (Seções pré-histórica, etrusca, lapidário). Importantes núcleos de coleção também são reunidos na seção egípcia que conta com cerca de 3.500 peças, entre as quais se destacam obras-primas como os relevos da tumba do faraó Horemheb, e é uma das mais importantes da Europa.
O museu também conserva uma relevante coleção numismática, constituída por cerca de 100.000 moedas e medalhas. Na seção pré-histórica, recentemente renovada, a evolução do povoamento do boloñês é representada por uma série de ferramentas de pedra do Paleolítico e por numerosos artefatos que documentam o desenvolvimento do Neolítico, da Idade do Cobre e da Idade do Bronze. De particular relevância são os testemunhos da Gruta do Farneto, o depósito de Rocca di Badolo (século XVI a.C.), com seus quarenta e uma machados de bronze e os artefatos de numerosos sítios habitacionais, dentre os quais o de S. Giuliano di Toscanella, de onde provém, entre outras coisas, uma forma de fundição para foice e pontas de flecha bem conservada. Caracteriza o percurso expositivo uma riquíssima seção etrusca. A fase villanoviana de Bolonha (século IX-metade do VI a.C.) é ilustrada por uma vasta seleção dos cerca de quatro mil ajuntamentos funerários das necrópoles (destacam-se entre outras as de Savena, S. Vitale, Benacci, Arnoaldi), compreendendo objetos de uso pessoal e ferramentas de bronze, bem como cerâmicas e vasos de bronze. Aqui se destacam, em particular, o famoso askos Benacci, forma vascular muito rara datável do fim do século VIII a.C., e o extraordinário complexo do “depósito de S. Francesco”, encontrado junto à homônima basílica: um depósito de fundição, constituído por um grande dolium que continha mais de 14 mil peças de bronze, inteiras e fragmentadas, tanto de produção local quanto de outras proveniências.
A fase plenamente urbana de Felsina, a Bolonha etrusca (fase “Certosa” ou felsínea) é novamente ilustrada principalmente por ajuntamentos funerários, dentre os quais se destacam os excepcionais da “Tumba grande” e da “Tumba do banquinho”, atribuíveis à necrópole dos Jardins Margherita. Do cemitério da Certosa, por sua vez, deriva o nome da importante situla de bronze decorada com cenas de vida militar, civil e religiosa. Também é de grande relevância o núcleo de cerca de duzentas e cinquenta estelas figuradas em arenito, que constituíam o sinal distintivo das tumbas mais prestigiosas. À cultura villanoviana de Verucchio, o sítio principal da Romagna da primeira Idade do Ferro, é dedicada uma sala na qual está exposta uma tumba principesca caracterizada por um rico mobiliário em madeira. Quanto à era romana, no átrio está exposto o torso marmóreo loricado do imperador Nero encontrado durante o século XVII na área do teatro (Piazza dei Celestini), enquanto entre o átrio e o pátio está distribuída a rica coleção de lápides, datáveis principalmente entre o século I a.C. e o século I d.C., interessantes tanto pela documentação onomástica e magistratural quanto pelo testemunho oferecido por algumas decorações com cenas inspiradas pela profissão do falecido. No pátio estão também colocadas algumas pedras miliárias provenientes da Via Emília.
Passando às seções dedicadas aos objetos de proveniência colecionística, na sala com as antiguidades etrusco-itálicas destacam-se os bucchero e, entre os espelhos, a famosa “patera cospiana”. Na seção grega está exposta a célebre cabeça marmórea da Athena Lemnia da coleção Palagi, uma bela cópia da era augustana de um original fidiaco em bronze. Expressiva a série das cerâmicas gregas e magnogregas, das gemas e das joias. Uma menção especial merece a coleção egípcia, uma das mais importantes da Europa, em grande parte proveniente de Palagi, recentemente reexposta, rica em mais de três mil objetos tais como sarcófagos, estelas, ushabti e diversos artefatos, que documentam três milênios de civilização. Entre os objetos mais importantes situam-se os relevos provenientes da tumba de Horemheb em Saqqara (século XIII a.C.), monumento redescoberto por escavações recentes, a que é dedicado um vídeo em computação gráfica. O museu dispõe de uma seção informática, com algumas estações destinadas aos visitantes para que possam explorar e aprofundar aspectos e temas do rico patrimônio museológico.
A sala de exposições, localizada no piso térreo, é um espaço de quase 1000 m² funcional e adequado para acolher exposições de grande relevância: ao longo dos últimos 40 anos, aqui foram apresentadas ao público centenas de exposições temporárias, tanto produzidas pelo museu quanto organizadas em colaboração com outros parceiros.
O museu é também conhecido pela qualidade da oferta educativa e de formação permanente, que o tornam um ponto de referência primário para a análise das práticas educativas museais.
De fundamental importância para a valorização do patrimônio permanente são finalmente as relações com outras instituições nacionais e internacionais conectadas às atividades de pesquisa histórica e científica, como evidenciam os numerosos projetos e o considerável número de empréstimos, nos quais o museu está envolvido anualmente.

