ローマ先史民族学博物館は、ルイージ・ピゴリーニ（1842-1925）によって1876年3月14日に、市内中心部の十六世紀末にイエズス会によって建てられたローマ大学カレッジの一翼にて開館されました。十七世紀以来、このイエズス会カレッジは、父アタナシウス・キルヒャーによって集められた古美術品と様々な珍品のコレクションを収蔵していました。
国立先史民族学博物館「ルイージ・ピゴリーニ」の監督局は、その設立以来、当国に保存されている旧石器時代および民族人類学的遺産の研究と普及における卓越したセンターです。科学的かつ保護の機関としての起源は1875年に遡り、その年にローマ大学カレッジの建物に「国立先史民族博物館ローマ王立博物館」が設立されました。
創設者ルイージ・ピゴリーニの意図により、この新しい機関は、王国の新首都においてイタリア、ヨーロッパ、アフター・ヨーロッパの先史文化と、いわゆる「原始的」な現代民族文化の資料を「中央」博物館に集めるだけでなく、イタリアにおける旧石器研究の学術的統一的枠組みを与えることを目的としていました。
設立当初から「国立先史民族博物館ローマ王立博物館」は、イタリアの先史遺跡発掘の促進と調整の重要な役割を果たし、それとともに博物館でイタリア初の旧石器学の大学講座を実施する高度な学術活動を展開し、同年、先史学に特化したヨーロッパでも初期の雑誌の一つである『イタリア旧石器学通信』を創刊し、卓越した科学普及活動も行いました。1940年には博物館は監督局（ローマ古代監督局V）事務所となりました。
1962年にローマで開催された第6回国際先史プロト史学会議に際し、EURの科学宮殿で「ラツィオ州先史プロト史博物館」が、現在も歴史的本拠地であるローマ大学カレッジ内に存在する国立先史民族学博物館「L.ピゴリーニ」の恒久的部門として開館されました。
1968年にはグイ大臣の勅令（D.M. 1968年3月4日、第1条第5項）により、ローマV監督局は先史民族学監督局と改名されました。
1975年から1977年にかけて、国立先史民族学博物館全体がEURの科学宮殿に移転し、ローマ大学カレッジの施設は新設の文化環境省に提供されました。新しい省の組織の下で博物館は「L.ピゴリーニ国立先史民族学博物館特別監督局」の名称となった特別機関の一部として存続しました。
文化環境省の設置法の枠組みの中で、特別監督局は先史時代・前史時代および民族学分野における保存、保護、博物館および記念物の利活用、調査の技術機関としての地位を維持しました。
新たな省の組織においては、監督局はもはや「特別」ではありませんが、その制度上の任務は変わっていません。
