Il Музей доисторической этнографии Рима был открыт 14 марта 1876 года Луиджи Пигорини (1842–1925) в центре города, в крыле Дворца Римского Колледжа, построенного в конце XVI века Общиной Иисуса. С XVII века Колледж Иезуитов уже хранил собрание древностей и различных курьёзов, собранных отцом Афанасием Кирхером.
La Суперинтенденция Национального доисторического и этнографического музея «Луиджи Пигорини» в Риме с момента основания является центром превосходства в исследованиях и продвижении палеонтологического и этноантропологического наследия, сохранённого в нашей стране. Его происхождение как научного и охранного учреждения датируется 1875 годом, когда в дворце Римского Коллегия был основан «Королевский национальный доисторический и этнографический музей Рима».
По замыслу основателя, Луиджи Пигорини, новое учреждение создавалось не только для того, чтобы собрать в “центральном” музее новой столицы Королевства свидетельства как итальянских, европейских, так и внеевропейских доисторических культур, а также культур современных так называемых “примитивных” народов, но прежде всего для установления единой научной концепции исследований и палеонтологических изысканий в Италии.
С момента основания «Королевский национальный доисторический и этнографический музей Рима» выполнял основополагающую функцию по продвижению и координации раскопок доисторических мест Италии, параллельно ведя интенсивную и инновационную работу по высшему образованию, проводя на территории музея курсы первой в Италии университетской кафедры палеонтологии, а также постоянную и исключительную научно-популяризаторскую деятельность, включая создание в год основания музея одного из первых в Европе журналов, посвящённых доисторическим дисциплинам — Bullettino di Paletnologia Italiana. В 1940 году музей стал штаб-квартирой Суперинтенденции (Суперинтенденция древностей Рим V).
В честь VI Международного конгресса по доисторическим и протоусторическим наукам, проведённого в Риме в 1962 году, в Дворце наук в EUR был открыт «Музей доистории и протоуистории Лацио», учреждённый как постоянное отделение Национального доисторического и этнографического музея «Л. Пигорини», который оставался в историческом здании Римского Колледжа.
В 1968 году по указу министра Гуи (D.M. 4 марта 1968, арт. 1, п. 5) Суперинтенденция Рим V была переименована в Суперинтенденцию по доистории и этнографии.
Между 1975 и 1977 годами весь Национальный доисторический и этнографический музей был перевезён в Дворец наук в EUR, чтобы освободить помещения Римского Колледжа для нового Министерства по делам культурного и природного наследия. С образованием нового министерства музей остался частью Специального института, переименованного в Специальную суперинтенденцию Национального доисторического и этнографического музея «Л. Пигорини».
В рамках учредительного закона Министерства по делам культурного и природного наследия Специальной суперинтенденции было подтверждено статус технического органа для сохранения, охраны, музейного и монументального обогащения, а также исследований в области доистории и протоуистории, и в области этнографии.
В новой структуре министерства суперинтенденция больше не является “специальной”, однако её институциональные задачи остались неизменными.
 в центре города, в крыле Дворца Римского Колледжа, построенного в конце XVI века Общиной Иисуса.){kind=link}