Наследник Лука Пертузати решил передать книжную коллекцию покойного, состоящую из более 24 000 томов, преимущественно охватывающих историко-эрудитские и литературные интересы, Конгрегации Государства в дар эрцгерцогу Фердинанду, третьему сыну императрицы Марии Терезии и Франца I, будущему губернатору Ломбардии.
В 1770 году Мария Терезия, учитывая отсутствие в Милане «библиотеки, открытой для общего пользования теми, кто желает развивать свой ум и приобретать новые знания», решила выделить для общественного использования библиотеку Пертузати, которую следовало соответственно пополнить, после того как будет найдена подходящая локация близ центра города.
Это помещение стало доступно только в 1773 году после роспуска Общества Иисуса, благодаря чему Государство получило Колледж иезуитов в Брере, построенный на месте монастыря XII века ордена униатов. Средневековый латинский термин «Braida», впоследствии преобразованный в «Brera», дал имя библиотеке, которая с тех пор носит название Брайденсе. Открытие для публики состоялось лишь в 1786 году.
Ликвидация Общества Иисуса также предоставила в распоряжение Государства книжные фонды Колледжа Брайденсе и иезуитских домов Сан-Феделе и Сан-Джироламо, которые вместе с фондом Пертузати сформировали ядро библиотеки.
В 1778 году была приобретена коллекция бернского врача Альбрехта фон Халлерa, богатая ценными научными текстами. К ней добавились собрания графа Фирмиана, кардинала Анджело Мариа Дурини и полковника Башьера. Позже были включены фонды древних монастырских библиотек. В Брайденсе также были направлены дубликаты Императорской библиотеки Вены.
Период наполеоновской эпохи отмечен приобретением важной библиотеки Колледжа юристов и коллекции семьи Скачерни из Феррары, содержащей классические греческие и латинские произведения. С самого основания библиотека регулярно пополнялась благодаря обязательному депозиту всех произведений, опубликованных в Миланском государстве, в Библиотеке Бреры.
В 1802 году Брайденсе была присвоена квалификация «национальная». В XIX веке фонд библиотеки значительно расширился за счет других коллекций (тома, подаренные Эрмесом Висконти, собрание Королевского нумизматического кабинета, коллекция Бодониана Мортары, коллекция Латтеса произведений еврейской культуры, часть рукописей и печатных изданий Карло Морбио, мозаика Виуссоу и библиотека Чезаре Корренти).
В 1891 году была приобретена драматическая коллекция Корниани Алгаротти, а в 1895 году добавлено наследие Де Капитани Д’Арцaго. Специальный фонд по Манцони был подарен Пьетро Брамбиллой в 1885 году и постоянно пополняется (рукописи, манцониевские реликвии, переписка, различные книги с пометками Манцони, почти все издания произведений Манцони и манцониевская критика).
Среди коллекций, поступивших в XX веке, стоит отметить библиотеку Новати, литургическую библиотеку герцогов Пармы, шахматную коллекцию, фонд Кастильони и фотоколлекцию Соммаривы.
