El heredero Luca Pertusati decidió ceder la colección libraria perteneciente al fallecido y compuesta por más de 24.000 volúmenes, que en su mayoría entraban en una esfera de intereses histórico-eruditos y literarios, adquirida por la Congregación de Estado, para hacer un homenaje al archiduque Fernando, tercer hijo de la emperatriz María Teresa y de Francisco I y futuro gobernador de Lombardía.
En 1770 María Teresa, considerando la falta en Milán “de una Biblioteca abierta para uso común de quien desea cultivar más su ingenio y adquirir nuevos conocimientos”, decidió destinar al uso público la Biblioteca del Pertusati, oportunamente aumentada, después de que se encontrara una sede adecuada, cerca del centro de la ciudad.
Dicha sede se volvió disponible sólo en 1773, tras la disolución de la Compañía de Jesús que permitió al Estado adquirir el palacio del Colegio jesuítico de Brera, construido sobre el área del convento de los Humillados del siglo XIII. El término latino medieval “Braida”, luego evolucionado en la forma “Brera”, denominó a la Biblioteca que así tomó el nombre actual de Braidense. La apertura efectiva al público se produjo sólo en 1786.
La supresión de la Compañía de Jesús puso a disposición del Estado también los fondos librarios del Colegio Braidense y de las casas jesuíticas de San Fedele y San Jerónimo, que junto con el fondo Pertusati constituyeron el núcleo fundamental de la Biblioteca.
En 1778 se adquirió la colección del médico Albrecht von Haller de Berna, rica en valiosos textos científicos. A esta se sumaron las colecciones del conde de Firmian, del cardenal Angelo Maria Durini y del coronel Baschiera. Posteriormente se incorporaron fondos de antiguas librerías clausurales. A la Braidense también se destinaron los duplicados de la Biblioteca Imperial de Viena.
De la edad napoleónica hay que recordar las adquisiciones de la importante Biblioteca del Colegio de los Jurisconsultos y la de la familia Scaccerni de Ferrara, rica en clásicos griegos y latinos. Sin embargo, para incrementar continuamente las colecciones se dispuso desde sus orígenes el depósito obligatorio, en la Biblioteca de Brera, de las obras publicadas en el Estado de Milán.
En 1802 se le otorgó a la Braidense la calificación de “nacional”. A lo largo del siglo XIX otros fondos enriquecieron aún más el patrimonio de la Braidense (volúmenes donados por Ermes Visconti, colección del R. Gabinete Numismático, colección bodoniana Mortara, colección Lattes de obras de cultura judía, parte de los manuscritos e impresos recogidos por Carlo Morbio, la miscelánea Vieusseux y la librería de Cesare Correnti).
En 1891 se adquirió la colección dramática Corniani Algarotti y en 1895 se agregó el legado De Capitani D’Arzago. El fondo especial manzoniano fue donado por Pietro Brambilla en 1885 y se incrementa continuamente (manuscritos, recuerdos manzonianos, epistolario, varios libros anotados por Manzoni, casi todas las ediciones de las obras manzonianas y estudios de crítica manzoniana).
Entre las colecciones recibidas en el siglo XX hay que recordar la Librería Novati, la Biblioteca litúrgica de los duques de Parma, la colección de ajedrez, el fondo Castiglioni y el fondo fotográfico Sommariva.
