Der Erbe Luca Pertusati beschloss, die dem Verstorbenen gehörende Büchersammlung mit mehr als 24.000 Bänden, die größtenteils in den Bereich historisch-gelehrter und literarischer Interessen fielen, an die Staatskongregation zu übergeben, um sie als Geschenk an Erzherzog Ferdinand, den dritten Sohn der Kaiserin Maria Theresia und Franz I., und zukünftigen Gouverneur der Lombardei, zu machen.
Im Jahr 1770 entschied Maria Theresia, angesichts des Mangels in Mailand “einer für jedermann offenen Bibliothek für jene, die den Wunsch haben, ihr Genie stärker zu pflegen und neue Erkenntnisse zu erwerben”, die Pertusati-Bibliothek nach entsprechender Erweiterung für die Öffentlichkeit zugänglich zu machen, sobald ein geeigneter Sitz nahe dem Stadtzentrum gefunden worden war.
Ein solcher Sitz wurde erst 1773 verfügbar, nach der Auflösung der Gesellschaft Jesu, die dem Staat ermöglichte, den Palast des jesuitischen Collegiums von Brera zu erwerben, erbaut auf dem Gelände des dreizehnten Jahrhunderts alten Klosters der Umiliati. Der mittelalterliche lateinische Begriff „Braida“, der sich später zur Form „Brera“ entwickelte, gab der Bibliothek ihren Namen, die dadurch ihren heutigen Namen Braidense erhielt. Die tatsächliche Eröffnung für die Öffentlichkeit erfolgte erst 1786.
Die Aufhebung der Gesellschaft Jesu stellte dem Staat zudem die Buchbestände des Collegio Braidense sowie der jesuitischen Häuser San Fedele und San Girolamo zur Verfügung, die zusammen mit dem Pertusati-Bestand den Grundstock der Bibliothek bildeten.
1778 wurde die Sammlung des Arztes Albrecht von Haller aus Bern erworben, reich an wertvollen wissenschaftlichen Texten. Hinzu kamen die Sammlungen des Grafen Firmian, Kardinal Angelo Maria Durini und Oberst Baschiera. Später wurden Bestände alter Klosterbibliotheken eingegliedert. Der Braidense wurden außerdem Duplikate der Kaiserlichen Bibliothek in Wien zugeteilt.
Aus napoleonischer Zeit stammen die Erwerbungen der bedeutenden Bibliothek des Collegio dei Giureconsulti sowie der Sammlung der Familie Scaccerni aus Ferrara, reich an griechischen und lateinischen Klassikern. Zur kontinuierlichen Erweiterung der Sammlungen wurde jedoch von Anfang an eine Pflichtdeponierung in der Brera-Bibliothek aller im Staat Mailand veröffentlichten Werke festgelegt.
Der Braidense wurde 1802 der Status einer “Nationalbibliothek” verliehen. Im 19. Jahrhundert bereicherten weitere Bestände das Erbe der Braidense (gespendete Bände von Ermes Visconti, Sammlung des Kgl. Münzkabinetts, bodonische Mortara-Sammlung, Lattes-Sammlung jüdischer Kulturwerke, Teile der von Carlo Morbio gesammelten Manuskripte und Drucke, die miscellanea Vieusseux und die Bibliothek von Cesare Correnti).
1891 wurde die dramatische Sammlung Corniani Algarotti erworben und 1895 folgte der Nachlass De Capitani D’Arzago. Der spezielle manzonische Bestand wurde 1885 von Pietro Brambilla gestiftet und wird kontinuierlich erweitert (Manuskripte, manzonische Erinnerungsstücke, Briefwechsel, verschiedene von Manzoni kommentierte Bücher, fast alle Ausgaben der manzonischen Werke und manzonische Kritikanalysen).
Zu den im 20. Jahrhundert eingegangenen Sammlungen zählen die Novati-Bibliothek, die liturgische Bibliothek der Herzöge von Parma, die Schach-Sammlung, der Castiglioni-Bestand und der fotografische Bestand Sommariva.
