L’héritier Luca Pertusati décida de céder la collection de livres appartenant au défunt, composée de plus de 24 000 volumes, qui relevaient pour la plupart d’un intérêt historique, érudit et littéraire, achetée par la Congrégation d’État afin d’en faire cadeau à l’archiduc Ferdinand, troisième fils de l’impératrice Marie-Thérèse et de François Ier, futur gouverneur de la Lombardie.
En 1770, Marie-Thérèse, considérant l’absence à Milan « d’une Bibliothèque ouverte à l’usage commun de ceux qui désirent davantage cultiver leur esprit et acquérir de nouvelles connaissances », décida de destiner à l’usage public la Bibliothèque du Pertusati, opportunément enrichie, après qu’un local adéquat, proche du centre-ville, ait été trouvé.
Ce local ne fut disponible qu’en 1773, après la dissolution de la Compagnie de Jésus qui permit à l’État d’acquérir le palais du Collège jésuite de Brera, construit sur l’emplacement de l’ancien couvent médiéval des Humiliés datant du XIIIe siècle. Le terme latin médiéval « Braida », évolué ensuite en « Brera », donna son nom à la Bibliothèque qui prit ainsi le nom actuel de Braidense. L’ouverture effective au public ne eut lieu qu’en 1786.
La suppression de la Compagnie de Jésus mit également à la disposition de l’État les fonds livresques du Collège Braidense et des maisons jésuites de San Fedele et San Girolamo qui, avec le fonds Pertusati, constituèrent le noyau fondamental de la Bibliothèque.
En 1778 fut ensuite acquise la collection du médecin Albrecht von Haller de Berne, riche en précieux ouvrages scientifiques. S’y ajoutèrent les collections du comte de Firmian, du cardinal Angelo Maria Durini et du colonel Baschiera. Par la suite, des fonds d’anciennes bibliothèques cloîtrées furent incorporés. À la Braidense furent également attribués les doubles de la Bibliothèque Impériale de Vienne.
D’époque napoléonienne, il faut rappeler les acquisitions importantes comme la Bibliothèque du Collège des Jurisconsultes et celle de la famille Scaccerni de Ferrare, riche en classiques grecs et latins. Pour accroître continuellement les collections, dès l’origine, le dépôt légal obligatoire était appliqué à la Bibliothèque de Brera pour toutes les œuvres publiées dans l’État de Milan.
La Braidense reçut en 1802 la qualification de « nationale ». Au cours du XIXᵉ siècle, d’autres fonds enrichirent encore davantage le patrimoine de la Braidense (volumes donnés par Ermes Visconti, collection du R. Cabinet Numismatique, collection bodonienne Mortara, collection Lattes d’œuvres de culture juive, une partie des manuscrits et imprimés réunis par Carlo Morbio, la miscellanée Vieusseux et la bibliothèque de Cesare Correnti).
En 1891 fut acquise la collection dramatique Corniani Algarotti et en 1895 s’ajouta le legs De Capitani D’Arzago. Le fonds spécial manzonien fut donné par Pietro Brambilla en 1885 et est continuellement augmenté (manuscrits, objets liés à Manzoni, correspondances, divers livres annotés par Manzoni, presque toutes les éditions des œuvres manzoniennes et des études de critique manzonienne).
Parmi les collections arrivées au XXᵉ siècle, il faut rappeler la Librairie Novati, la Bibliothèque liturgique des ducs de Parme, la collection d’échecs, le fonds Castiglioni et le fonds photographique Sommariva.
