Рассказывает о «месте», подвешенном между водой и землей, которое с течением веков изменялось, трансформировалось под воздействием природных явлений и деятельности человека. Маршрут, начинаясь с находок, подтверждающих интенсивные торговые обмены, затрагивавшие лагуну и её жителей ещё в минойскую эпоху (II тысячелетие до н. э.), проходит через свидетельства Венета, доримские и римские, византийские и раннесредневековые, охватывая славные времена Серениссима и доходя до XIX века.
Археологический отдел собирает артефакты, найденные в лагунной зоне и окрестностях Альтино, а также работы, поступившие в музей из частных коллекций, например, коллекцию египетских статуэток из бронзы и керамики, охватывающую период от палеолита до поздней римской эпохи. Обширна коллекция греческой, италийской и этрусской керамики с VII по IV век до н. э., представляющая различные декоративные типы и технологии производства.
Римская керамика представлена небольшим, но значимым собранием: кухонной и столовой посудой для похоронного использования, бокалами и чашами, различными типами светильников. Культовые и похоронные бронзы протогисторического периода с человеческими и животными фигурами производства этрусков, италиков и палеовенетов дополняются предметами личного и декоративного использования, такими как фибулы и зеркала. Римские бронзовые фигурки священного характера из домашних лярариев, столовые принадлежности и инструменты, а также фигурные плиты и антефисы из святилищ центральной и южной Италии.
Малые греческие скульптуры поступили в Торчелло через венецианский коллекционизм. Копии и римские переосмысления греческих оригиналов, надгробные памятники и портреты из области Альтино, урны и надгробные камни дополняют скульптурную коллекцию археологического отдела.
Средневековый и современный отдел экспонирует произведения и документы, датируемые с VI века по восемнадцатый век. Каменные материалы и архитектурные фрагменты свидетельствуют о глубоких культурных и художественных связях с Византийской империей, как через наличие произведений, созданных на Востоке, например, великолепной крещальницы VI века или коллекции энкольпионов, медалей и бронзовых фибул, так и через сохранение и повторное использование византийских декоративных моделей в предметах местного производства. Из базилики Торчелло в музей поступили фрагменты декорации стен замысловатой работы и алтарная плата из позолоченного серебра XIII века — редкий сохранившийся, пусть и неполный, пример церковного убранства, распространённого в лагуне.
Деревянные скульптуры лагунной зоны, византийские иконы и настенные росписи XIV–XV веков с религиозной тематикой находят свои лучшие образцы в полихромном и позолоченном барельефе «Пьета» и в доске с изображением Христа Страстника, на которой отчетливо заметно влияние тосканской школы. Из исчезнувшего Торчелло и разрушенных его церквей сохранились воспоминания в «Благовещении», «Поклонении волхвов», монохромных изображениях с историями о Деве Марии и Святой Кристине из мастерской Веронезе, происходящих из церкви Святого Антония в Торчелло.
О социальной и производственной жизни Торчелло и затопленных ныне соседних островов свидетельствуют фрагменты повседневной керамики, монеты, стекло, трёхногие подставки для приготовления пищи и производственные отходы — память о мастерских и активных печах.
