Два года после его смерти (1226) было начато строительство Базилики, используя розовый камень с горы Субасио и сооружая её корпус в два этажа, расположенных друг над другом.
Нижняя Базилика выполнена в стиле ломбардского романского зодчества: с одним нефом, крестовыми сводами, широкой трансептой и великолепными фресками, подписанными Джотто, Чимабуе и их учениками. Под центральным алтарём, в маленькой крипте, хранятся останки Святого; также можно посетить помещение, где хранятся реликвии, и Музей сокровищ, в котором представлены редкие миниатюрные рукописи, картины и другие ценности.
Верхняя Базилика выполнена в готическом стиле, и её строительство позволило чётко разделить функции двух культовых зданий: предназначенная для паломников и почитания реликвий Святого Нижняя Базилика; предназначенная для больших собраний и официальных встреч, включая папские, Верхняя Базилика, в которой хранятся фрески Чимабуе и широкий живописный цикл “Истории святого Франциска” Джотто: 28 сцен, в которых выделяется перспективная глубина пейзажей и человеческих фигур.
Землетрясение 1997 года серьёзно повредило Верхнюю Базилику, особенно в области трансепта, из-за чего она была закрыта более чем на два года. Ассизи славится множеством церквей, среди которых церковь Святой Клары, в итальянском готическом стиле, освящённая в 1265 году и по форме похожая на верхнюю францисканскую базилику.
