圣方济各去世两年后（1226年），开始建造圣殿大教堂，使用苏巴西欧山的玫瑰色石材，并将建筑主体设计为上下两层。
下圣殿为伦巴第罗曼式风格，拥有单一中殿、交叉拱顶、宽敞的十字堂以及由乔托、契马布埃及其弟子绘制的精美壁画。中央祭坛下方的一个小地下室中安放着圣人的遗体；此外，还可参观安放圣物的房间和收藏稀有手抄本、绘画及其他珍贵文物的宝藏博物馆。
上圣殿则展现哥特式线条，其建成明确区分了两个礼拜场所的功能：下圣殿主要供朝圣者和圣遗物崇拜；上圣殿则用于大型集会和官方会议，包括教皇的访问，收藏有契马布埃的壁画及乔托的宏大壁画“圣方济各的故事”，包含28个场景，突出展示了风景与人物的透视深度。
1997年地震严重损毁了上圣殿，尤其是十字堂区域，导致教堂关闭超过两年。阿西西拥有众多教堂，其中包括1265年奉献的意大利哥特式圣克拉拉教堂，其形制类似于方济各圣殿的大教堂上部。
