Dois anos após sua morte (1226) foi iniciada a construção da Basilica, utilizando a pedra rosada do monte Subásio e estruturando seu corpo em dois andares sobrepostos.
A Basilica Inferior é em estilo românico lombardo, com uma única nave, abóbadas de cruzaria, um amplo transepto e belos afrescos assinados por Giotto, Cimabue e alunos. Sob o altar central, em uma pequena cripta, estão guardados os restos do Santo; é possível também visitar o local que abriga as relíquias e o Museu do Tesouro, com raros códices iluminados, pinturas e outros preciosos objetos.
A Basilica Superior exibe linhas góticas e sua construção permitiu definir claramente a funcionalidade dos dois locais de culto: destinada aos peregrinos e à veneração das relíquias do Santo, a Basilica Inferior; voltada para grandes encontros e reuniões oficiais, inclusive com o Papa, a Superior, que guarda afrescos de Cimabue e o vasto ciclo pictórico “Histórias de São Francisco” de Giotto: 28 cenas que destacam a profundidade perspectiva impressa nas paisagens e nas figuras humanas.
O terremoto de 1997 danificou seriamente a Basilica Superior, sobretudo na área do transepto, causando seu fechamento por mais de dois anos. Assis possui um grande número de igrejas, entre elas a de Santa Clara, em estilo gótico italiano, consagrada em 1265 e similar, na forma, à Basilica Superior franciscana.
