Deux ans après sa mort en 1226, la construction de la Basilique débute, édifiée avec la pierre rosée du mont Subasio et composée de deux niveaux superposés.
La Basilique Inférieure adopte un style roman lombard, avec une nef unique, des voûtes en croisée d’ogives, un large transept et de remarquables fresques signées Giotto, Cimabue et leurs élèves. Sous l’autel principal, une petite crypte abrite les reliques du Saint ; il est également possible de visiter la salle qui conserve ses reliques et le Musée du Trésor, où l’on découvre de précieux manuscrits enluminés, peintures et objets d’art rares.
La Basilique Supérieure présente, quant à elle, des lignes gothiques. Sa construction a bien défini l’utilisation des deux édifices : la Basilique Inférieure est dédiée aux pèlerins et à la vénération des reliques, tandis que la Supérieure, conçue pour les grands rassemblements et rencontres officielles, parfois en présence du Pape, abrite des fresques de Cimabue et un vaste cycle pictural signé Giotto, « Histoires de Saint François » : 28 scènes où l’on admire la profondeur des paysages et des personnages.
Le séisme de 1997 a gravement endommagé la Basilique Supérieure, en particulier son transept, entraînant sa fermeture pendant plus de deux ans. Assise compte aussi de nombreuses églises remarquables, dont celle de Sainte Claire, de style gothique italien, consacrée en 1265 et au plan proche de la Basilique Supérieure franciscaine.
