Due anni dopo la sua morte (1226) fu iniziata la costruzione della Basilica, utilizzando la pietra rosata del monte Subasio e strutturandone il corpo su due piani sovrapposti.
La Basilica Inferiore è in stile romanico lombardo, con un’unica navata, volte a crociera, un ampio transetto e splendidi affreschi firmati Giotto, Cimabue e allievi. Sotto l’altare centrale, in una piccola cripta, sono custodite le spoglie del Santo; si possono inoltre visitare il locale che ne ospita le reliquie e il Museo del Tesoro, con rari codici miniati, dipinti e altri preziosi.
La Basilica Superiore sfoggia invece linee gotiche e la sua realizzazione consentì di definire chiaramente la funzionalità dei due luoghi di culto: destinata ai pellegrini e alla venerazione delle reliquie del Santo, la Basilica Inferiore; vocata a grandi raduni e riunioni ufficiali, anche con il Papa, quella Superiore, che custodisce affreschi di Cimabue e il vasto ciclo pittorico “Storie di San Francesco” di Giotto: 28 scene in cui spicca la profondità prospettica impressa ai paesaggi e alle figure umane.
Il terremoto del 1997 ha danneggiato seriamente la Basilica Superiore, soprattutto nella zona del transetto, causandone la chiusura per oltre due anni. Assisi vanta un gran numero di chiese, tra cui quella di Santa Chiara, in stile gotico italiano, consacrata nel 1265 e simile, nella forma, alla Basilica Superiore francescana.
