Dos años después de su muerte (1226) se inició la construcción de la Basilica, utilizando la piedra rosada del monte Subasio y estructurando el edificio en dos pisos superpuestos.
La Basilica Inferior es de estilo románico lombardo, con una sola nave, bóvedas de crucería, un amplio transepto y espléndidos frescos firmados por Giotto, Cimabue y sus discípulos. Bajo el altar central, en una pequeña cripta, se guardan los restos del Santo; también se pueden visitar el lugar que alberga las reliquias y el Museo del Tesoro, con raros códices miniados, pinturas y otros objetos valiosos.
La Basilica Superior presenta líneas góticas y su construcción permitió definir claramente la función de los dos lugares de culto: destinada a los peregrinos y a la veneración de las reliquias del Santo, la Basilica Inferior; dedicada a grandes reuniones y encuentros oficiales, incluso con el Papa, la Superior, que conserva frescos de Cimabue y el amplio ciclo pictórico “Historias de San Francisco” de Giotto: 28 escenas en las que destaca la profundidad perspectiva aplicada a los paisajes y figuras humanas.
El terremoto de 1997 dañó gravemente la Basilica Superior, especialmente en la zona del transepto, causando su cierre durante más de dos años. Asís cuenta con un gran número de iglesias, entre ellas la de Santa Clara, de estilo gótico italiano, consagrada en 1265 y similar, en forma, a la Basilica Superior franciscana.
