Zoals in alle jezuïetencolleges waren er ook in dat van Genua minstens twee bibliotheken: de “thuisbibliotheek”, bedoeld voor schoolgebruik, en de eigenlijke “Bibliotheek” gehuisvest in de zogenaamde “Derde Zaal”, die nog steeds het monumentale gedeelte behoudt met de fineerhouten boekenplanken van wortelnotenhout, waarvan het ontwerp dateert uit het midden van de 17e eeuw.
In de 18e eeuw onderging de Bibliotheek diverse herinrichtingen: rond het midden van de eeuw werd de houten decoratie vernieuwd in de stijl van de Genuese barok, en in 1777 werd de boekenkast tot aan het plafond verhoogd, waarbij het balkon, het ijzeren en houten hekwerk dat langs de hele zaal loopt, en het “kleine wenteltrapje” naar de bovenverdieping werden gebouwd.
Na de ontbinding in 1773 van de Compagnia di Gesù, werd het College omgedoopt tot de Openbare Universiteit en kwam onder directe controle van de Republiek Genua. Zo veranderde de jezuïetenbibliotheek in de “Bibliotheek van de Openbare Universiteit van de Strada Balbi”, waar de bibliotheken van onder meer opgeheven kloosters en religieuze gilden samenkwamen. In 1778 werd de geleerde Gaspare Luigi Oderico aangesteld als bibliothecaris met de opdracht de boeken van het voormalige College te catalogiseren. Deze werkzaamheden werden in 1785 afgerond en, aangezien de eerdere inventarissen niet bewaard zijn gebleven, vormen de door Oderico opgestelde manuscripten het oudste catalogusbestand van de bibliotheekcollecties.
Tijdens de Ligurische democratische republiek, tussen 1797 en 1799, maakte de bibliotheek een verdere uitbreiding door omdat opnieuw de boeken van talrijke opgeheven religieuze orden uit Genua en Ligurië hierheen werden overgebracht, evenals manuscripten en boeken afkomstig uit de bibliotheek van de geleerde augustijner monnik Angelico Aprosio (1607-1681) uit Ventimiglia.
De uitbreiding van de oude jezuïetenbibliotheek, van oorspronkelijk 15 naar 24 meter lengte, dateert uit de jaren 1830, om de groeiende verzameling boeken te kunnen herbergen.
In 1801 werd de bibliotheek uitgeroepen tot Openbare Nationale Bibliotheek, waarbij de overheid de bibliotheek aanstelde als officiële ontvanger van verplichte depotexemplaren van drukwerk uit Ligurië. In 1815, na de overgang van Ligurische gebieden aan het Huis van Savoye, herstelde de bibliotheek, nu onder de naam “bibliotheek van de Koninklijke Universiteit van Genua”, haar nauwe band met de universiteit, die overigens nooit verloren ging.
In 1866, na de laatste golf van opheffingen van religieuze congregaties, verwierf de bibliotheek verder bibliotheekcollecties uit kloosters, wat de aanwezigheid verklaart van een omvangrijk kernmateriaal aan religieuze en theologische onderwerpen.
De voortdurende uitbreiding van de boekenverzameling veroorzaakte al snel ruimtegebrek. Na verschillende voorstellen besloot men de voormalige kerk van het jezuïetencollege in te richten als de nieuwe locatie van de bibliotheek. In het renovatieplan werd een voor die tijd vooruitstrevende oplossing toegepast: het schip van de kerk werd horizontaal verdeeld om daar het boekenmagazijn te huisvesten, bestaande uit een seismisch veilige, zelfdragende metalen constructie met vier verdiepingen, en daarboven de leeszaal. De nieuwe ruimtes werden in december 1935 geopend. Sinds de oprichting van het nieuwe ministerie in 1975 is de bibliotheek een periferie-instituut van het Ministerie van Cultuur en Culturele Activiteiten.
De historische hoofdvestiging, al uitgebreid sinds 2003 met enkele zalen in Via Balbi 38b, kon al geruime tijd niet meer voldoende ruimte bieden voor de collectie. Om dit probleem op te lossen, kocht het Ministerie van Cultuur de oude locatie aan Via Balbi 40, tegenover het treinstation Piazza Principe, het voormalig Hotel Colombia. Deze nieuwe en prestigieuze locatie, waarvan de verbouwing inmiddels is voltooid, zal de bibliotheek de komende jaren in staat stellen om de diensten uit te breiden en culturele projecten en initiatieven te bundelen in een volledig vernieuwd stedelijk gebied. Sinds oktober 2013 is al het materiaal, kantoorruimte en een deel van de diensten die gevestigd waren aan Via Balbi 38b verhuisd naar de nieuwe locatie. Vanaf juli 2014 werden ook de kantoren van de historische locatie verplaatst, die sindsdien de enige en hoofdzetel van de bibliotheek vormt.
Als het belangrijkste bibliografische instituut van Ligurië, en houder van het depotrecht op de uitgeversproductie van de regio, bezit de bibliotheek meer dan 600.000 eenheden bestaande uit boeken, brochures, manuscripten, wiegendrukken, oude drukken uit de 16e eeuw, handschriften, en tijdschriften. De bibliotheek telt 34 zalen. De eerste drie zalen bevatten het grootste deel van de gedrukte boekencollectie afkomstig van het College en de Casa Professa dei Gesuiti genovesi en de opgeheven religieuze congregaties uit de 18e en 19e eeuw. Tot de collectie behoren ook zalen die bekendstaan als “Ligurische” en “Corsicaanse”: de eerste, begonnen in 1865 door bibliothecaris Emanuele Celesia om gedrukt werk uit Ligurië of van Ligurische auteurs te verzamelen, telt circa 6.000 boeken; de Corsica-zaal bestaat uit ongeveer 180 boeken en brochures over Corsica.
De bibliotheek bezit ook een aantal bibliografische fondsen verkregen rond de jaren ’20 en ’30: de Manuel Belgrano Bibliotheek (een schenking van de Argentijnse Republiek, met 1.500 volumes over de Argentijnse geschiedenis), de Geografica van de Amerikaanse Staten (opgericht bij regeringsbesluit in 1931, met circa 1.200 volumes); de Bibliotheek van het Militaire Presidium (permanent overgedragen in 1934, met boeken over krijgskundige disciplines); het Laura Fonds (met 13.000 boeken en brochures, voornamelijk filosofisch, religieus, sociologisch en literair van aard); het Rossello Fonds (een schenking uit de jaren ’30, met circa 1.500 boeken vooral over rechtswetenschap); het Gropallo Fonds (met circa 1.750 boeken, voornamelijk literair werk).
In de Afdeling Conservatie van de bibliotheek, waar de zeldzaamste voorwerpen en de volledige manuscriptencollectie worden bewaard, naast waardevolle codices en liturgische koralen, zijn de uitgebreide verzameling handschriften (circa 14.000 stukken, deels de correspondentie van verschillende directeuren met vele intellectuele en politieke persoonlijkheden), en het Nino Bixio Fonds, bekend als de “Handschriften van de Italiaanse eenwording” (veertien dozen met correspondentie en aantekeningen), bijzonder interessant.
In de eerste helft van de 20e eeuw zijn vele donaties en nalatenschappen gedaan, zowel van gedrukt als handgeschreven materiaal. Vermeldenswaardig zijn onder andere de kostbare schenking van Gerolamo Gaslini in 1942 (60 manuscripten uit de humanistische periode en 120 wiegendrukken), het Umberto Fracchia Fonds verkregen in 1982 (bevat literaire manuscripten en gedrukte werken) en het Luigi Pelloux Fonds, ook uit 1982 (voornamelijk historisch en militair werk).
Ook de aankooppolitiek heeft de collectie door de jaren heen versterkt: in 1954 kocht men van het Ministerie van Onderwijs een collectie van de familie De Gaudenzi (3.700 edities, vooral van D’Annunzio en kritieken daarop); recent is de aankoop van het Rodocanachi Fonds, van groot belang voor de literaire geschiedenis van de 20e eeuw. Sinds 2012 heeft de bibliotheek via een overeenkomst met de gemeente Genua de bibliotheek van de grote dichter en intellectueel Edoardo Sanguineti in bruikleen gekregen.
