Wie in allen Jesuitenkollegs gab es auch im Genueser Kolleg mindestens zwei Bibliotheken: die “häusliche”, für den Schulgebrauch, und die eigentliche “Bibliothek” in dem sogenannten “Dritten Saal”, der noch heute den monumentalen Teil mit Regalen aus Wurzelholzfurnier aufweist, deren Einrichtung auf die Mitte des 17. Jahrhunderts zurückgeht.
Im Laufe des 18. Jahrhunderts wurde die Bibliothek mehrfach umgestaltet: Mitte des Jahrhunderts wurde die hölzerne Dekoration im genuesischen Barockstil erneuert, und 1777 wurde die Regalwand bis zur Decke erhöht, indem der Balkon mit Eisen- und Holzgitter konstruiert wurde, der sich entlang des gesamten Saals erstreckt, sowie die “kleine Wendeltreppe”, die zum oberen Stockwerk führt.
Mit der Auflösung der Gesellschaft Jesu im Jahr 1773 wurde das Kolleg umbenannt in Öffentliche Universität und unter die direkte Kontrolle der Republik Genua gestellt. So verwandelte sich die Jesuitenbibliothek in die “Bibliothek der Öffentlichen Universität in der Straße Balbi”, in die die Bibliotheken der nach und nach aufgelösten Klöster und religiösen Gemeinschaften integriert wurden. 1778 wurde der Gelehrte Gaspare Luigi Oderico zum Bibliothekar ernannt und beauftragt, die Bücher des ehemaligen Kollegs zu katalogisieren. Die 1785 fertiggestellten und erhaltenen handschriftlichen Katalogbände von Oderico stellen den ältesten Katalog der Bibliotheksbestände dar, da frühere Inventare nicht erhalten sind.
Während der ligurischen Demokratie zwischen 1797 und 1799 erfuhr die Bibliothek eine weitere Vergrößerung, da erneut die Bücher der zahlreichen in Genua und Ligurien unterdrückten religiösen Orden und Manuskripte und Bände aus der Bibliothek des gelehrten augustinischen Mönchs Angelico Aprosio (1607-1681) aus Ventimiglia eingegliedert wurden.
Aus den 1830er Jahren stammt die Verlängerung der alten Jesuitenbibliothek von ursprünglich 15 auf heute 24 Meter Länge, um das gewachsene Volumen aufzunehmen.
1801 zur Öffentlichen Nationalbibliothek erklärt, erhielt die Bibliothek vom Staat das Recht, gesetzliche Pflichtablieferungen von Druckern in Ligurien zu empfangen. 1815, mit dem Übergang der ligurischen Gebiete an das Haus Savoyen, nahm sie als “Bibliothek der königlichen Universität Genua” ihre enge Verbindung mit der Universität wieder auf, die sie nie verloren hatte.
1866 bereicherte die Bibliothek sich durch die letzte Welle der Auflösung von religiösen Kongregationen um weitere Klosterbibliotheken, was die heute noch vorhandenen umfangreichen Bestände zu religiösen und theologischen Themen erklärt.
Das ständige Wachstum der Bestände machte bald den Mangel an Raum deutlich. Nach verschiedenen Überlegungen wurde die Lösung gefunden, die ehemalige Kirche des Jesuitenkollegs als neue Bibliotheksstätte zu nutzen. Im Umbauprojekt wurde eine damals fortschrittliche Lösung umgesetzt: Das Kirchenschiff wurde horizontal geteilt, um im unteren Bereich das Regalmagazin unterzubringen, bestehend aus einer tragenden, erdbebensicheren Stahlkonstruktion mit vier Etagen, und im oberen Bereich den Lesesaal. Die neuen Räume wurden im Dezember 1935 eingeweiht. Mit der Gründung des neuen Ministeriums wurde die Bibliothek 1975 zur Außenstelle des Ministeriums für Kulturgüter und kulturelle Aktivitäten.
Seit langem bot der historische Sitz, wenn auch seit 2003 mit einigen Räumen in der Via Balbi 38b erweitert, nicht genügend Platz, um die Sammlungen unterzubringen. Um dieses Problem zu lösen, erwarb das Ministerium für Kulturgüter und kulturelle Aktivitäten die ehemalige Hotel Columbia in der Via Balbi 40, gegenüber dem Bahnhof Piazza Principe. Dieses neue und prestigeträchtige Haus, dessen Umgestaltung inzwischen abgeschlossen ist, wird der Bibliothek in den kommenden Jahren ermöglichen, ihre Dienste zu erweitern und kulturelle Projekte in einem vollständig erneuerten städtischen Gebiet zu bündeln. Seit Oktober 2013 sind alle Materialien, Büros und Teile der Dienste von der Via Balbi 38b in den neuen Standort umgezogen. Ab Juli 2014 wurden auch die Büros, die sich am historischen Sitz befanden, in die neue Zentrale verlegt, die zur einzigen und Hauptniederlassung der Bibliothek wurde.
Die größte bibliografische Einrichtung Liguriens, die das gesetzliche Pflichtexemplar der Verlagsproduktion der Region verwaltet, besitzt über 600.000 Einheiten, darunter Bände, Broschüren, Manuskripte, Inkunabeln, Drucke aus dem 16. Jahrhundert, Autographen, Periodika. Die Bibliothek verfügt über 34 Säle. Die ersten drei Säle beherbergen den Großteil des gedruckten Buchbestands aus dem Kolleg und der Casa Professa der genuesischen Jesuiten sowie der im 18. und 19. Jahrhundert aufgelösten religiösen Kongregationen. Unter dem Buchbestand befinden sich auch die sogenannten “Ligurischen” und “Korsischen” Säle: Der erste, 1865 vom Bibliothekar Emanuele Celesia begonnen, sammelt in Ligurien gedruckte oder von ligurischen Autoren stammende Texte und umfasst ca. 6.000 Bände; der Korsische Saal besteht aus etwa 180 Bänden und Broschüren zur Korsika.
Die Bibliothek verfügt außerdem über mehrere bibliografische Sammlungen, die etwa in den 1920er bis 1930er Jahren eingegangen sind: die Manuel Belgrano Bibliothek (Spende der Argentinischen Republik, umfasst 1.500 Bände zur Geschichte Argentiniens), die Geografica der amerikanischen Staaten (1931 per Regierungsanordnung eingerichtet, ca. 1.200 Bände); die Militärstützpunktsbibliothek (permanent erhalten seit 1934, umfasst militärische Fachliteratur); der Laura-Fonds (bestehend aus 13.000 Bänden und Broschüren, vorwiegend philosophisch, religiös, soziologisch und literarisch); der Rossello-Fonds (Hinterlassenschaft aus den 1930er Jahren mit ca. 1.500 Bänden vor allem zu juristischen Themen); der Gropallo-Fonds (ca. 1.750 Bände, überwiegend Literaturtexte).
Im Konservierungsbereich der Bibliothek, der die seltensten Kostbarkeiten und den gesamten Bestand der Manuskripte beherbergt, sowie wertvolle Kodizes und liturgische Choräle, sind besonders interessant die große Autographensammlung (ca. 14.000 Stücke, darunter auch die Korrespondenz der verschiedenen Direktoren der Bibliothek mit vielen Persönlichkeiten aus der intellektuellen und politischen Welt) und der Nino Bixio Fonds, bekannt als “Autographen der italienischen Einigungszeit” (umfasst 14 Kisten mit Korrespondenzen und Notizen).
In der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts gab es zahlreiche Schenkungen und Nachlässe von gedrucktem wie auch handschriftlichem Material. Zu nennen ist die wertvolle Schenkung von Gerolamo Gaslini aus dem Jahr 1942 (60 Manuskripte aus der humanistischen Zeit und 120 Inkunabeln), der Umberto Fracchia Fonds, eingegangen 1982 (beinhaltet literarische Handschriften und Drucke), und der Luigi Pelloux Fonds, ebenfalls 1982 erhalten (enthält vorwiegend historische und militärische Werke).
Auch die Einkaufspolitik hat die Sammlungen im Laufe der Jahre erweitert: 1954 wurde vom Ministerium für öffentliche Bildung eine Sammlung der Familie De Gaudenzi erworben (3.700 Ausgaben, vor allem von D’Annunzio und zur D’Annunzio-Kritik), jüngst wurde der Rodocanachi-Fonds erworben, von großem Interesse für die Literaturgeschichte des 20. Jahrhunderts. Seit 2012 hat die Bibliothek durch eine Vereinbarung mit der Stadt Genua die Nutzung der Bibliothek des großen Dichters und Intellektuellen Edoardo Sanguineti im Leihgebrauch.
