Comme dans tous les collèges jésuites, celui de Gênes comportait au moins deux bibliothèques : la bibliothèque « domestique », d’usage scolaire, et la véritable « Librairie » située dans la soi-disant « Troisième Salle », qui conserve encore aujourd’hui la partie monumentale avec les étagères plaquées en bois de ronce, datant de la moitié du XVIIe siècle dans sa disposition.
Au cours du XVIIIe siècle, la Librairie fut soumise à plusieurs restructurations : vers le milieu du siècle, la décoration en bois fut renouvelée dans le style du barocchetto génois et en 1777 les étagères furent élevées jusqu’au plafond, avec la construction du balcon, de la rampe en fer et bois courant le long de la salle, et du « petit escalier en colimaçon » donnant accès à l’étage supérieur.
Avec la dissolution en 1773 de la Compagnie de Jésus, le Collège fut rebaptisé Université Publique et passa sous le contrôle direct de la République de Gênes. Ainsi, la bibliothèque jésuite devint la « Librairie de l’Université Publique de la rue Balbi » où furent intégrées les bibliothèques des couvents et des corporations religieuses progressivement supprimées. En 1778, l’érudit Gaspare Luigi Oderico fut nommé bibliothécaire avec pour mission de cataloguer les livres de l’ancien Collège. Ce catalogue, achevé en 1785, est le plus ancien des collections de la bibliothèque, puisque les inventaires précédents ne se sont pas conservés.
Pendant la république démocratique ligure, entre 1797 et 1799, la bibliothèque connut une nouvelle croissance avec l’intégration des volumes des bibliothèques des nombreux ordres religieux génois et liguriens supprimés durant la période « jacobine », ainsi que des manuscrits et volumes provenant de la bibliothèque ventimigliaise du docte frère augustinien Angelico Aprosio (1607-1681).
C’est dans les années 1830 que fut allongée l’ancienne librairie jésuite, passant de 15 à 24 mètres de longueur, pour accueillir le patrimoine accru de volumes.
Déclarée en 1801 Bibliothèque Publique Nationale, le gouvernement affirma la titularité de la bibliothèque pour recevoir le dépôt légal des imprimeurs de la Ligurie. En 1815, avec le passage des territoires liguriens sous la Maison de Savoie, en tant que « bibliothèque de l’université royale de Gênes », elle renoua son lien étroit avec l’université, lien qui ne fut jamais perdu.
En 1866, avec la dernière vague de suppressions des congrégations religieuses, la bibliothèque s’enrichit encore des bibliothèques conventuelles, ce qui explique la présence, parmi ses collections actuelles, d’un important noyau de livres traitant de matières religieuses et théologiques.
L’expansion constante des fonds posait rapidement le problème du manque de locaux. Après plusieurs hypothèses, la solution fut trouvée en destinant l’ancienne église du Collège des Jésuites à la nouvelle siège de la bibliothèque. Le projet de restructuration adopta alors une solution considérée à l’époque comme avant-gardiste : la nef de l’église fut divisée horizontalement afin d’accueillir le magasin de livres, constitué d’une structure métallique antisismique et autoportante sur quatre étages, et, dans la partie supérieure, la salle de lecture. Les nouveaux locaux furent inaugurés en décembre 1935. Avec la création du nouveau ministère, depuis 1975 la Bibliothèque est devenue un institut périphérique du Ministère des Biens et Activités Culturelles.
Depuis longtemps, le siège historique, malgré une extension en 2003 avec quelques salles en via Balbi 38b, ne garantissait plus d’espace suffisant pour accueillir les collections. Pour résoudre ce problème, le Ministère des Biens et Activités Culturelles acheta l’ancienne Hôtel Colombia, située face à la gare de Piazza Principe, via Balbi 40. Cette belle demeure, dont la transformation est désormais achevée, permettra dans les prochaines années à la Bibliothèque d’élargir ses services et de rassembler projets et dynamiques culturelles dans un quartier urbain entièrement renouvelé. Tout le matériel, les bureaux et une partie des services qui étaient installés en via Balbi 38b furent transférés dans le nouveau siège en octobre 2013. Depuis juillet 2014, les bureaux qui se trouvaient dans le siège historique furent eux aussi transférés, faisant du nouveau lieu le siège unique et principal de la bibliothèque.
Principal institut bibliographique de Ligurie, détenteur du dépôt légal de la production éditoriale régionale, la Bibliothèque possède plus de 600 000 unités entre volumes, brochures, manuscrits, incunables, ouvrages du XVIe siècle, autographes et périodiques. Les salles de la bibliothèque sont au nombre de 34. Les trois premières salles regroupent la majeure partie du patrimoine imprimé provenant du Collège et de la Casa Professa des Jésuites Génois ainsi que des Congrégations religieuses supprimées aux XVIIIe et XIXe siècles. Parmi le patrimoine figurent également les salles dites « Ligurie » et « Corse » : la première, commencée en 1865 par le bibliothécaire Emanuele Celesia pour rassembler des textes imprimés en Ligurie ou d’auteurs liguriens, comprend environ 6 000 volumes ; la salle Corse se compose d’environ 180 volumes et brochures relatifs à la Corse.
La bibliothèque possède, en outre, plusieurs fonds bibliographiques arrivés vers les années 20-30 : la Bibliothèque Manuel Belgrano (don de la République Argentine, comprenant 1 500 volumes sur l’histoire de l’Argentine), la Bibliothèque Géographique des États Américains (créée par décret gouvernemental en 1931, environ 1 200 volumes) ; la Bibliothèque du Presidio Militaire (cession permanente de 1934, composée d’ouvrages sur les disciplines militaires) ; le Fonds Laura (13 000 volumes et brochures principalement philosophiques, religieux, sociologiques et littéraires) ; le Fonds Rossello (legs des années 30, environ 1 500 volumes surtout en droit) ; le Fonds Gropallo (environ 1 750 volumes, principalement littéraires).
Au sein du Département de Conservation, qui conserve les pièces les plus rares et l’ensemble des manuscrits, en plus de précieux codex et chorals liturgiques, sont particulièrement intéressants la grande collection d’autographes (environ 14 000 pièces incluant notamment la correspondance des différents directeurs de la bibliothèque ayant eu des échanges avec des personnalités intellectuelles et politiques) et le Fonds Nino Bixio, connu sous le nom d’« Autographes du Risorgimento » (quatorze caisses de correspondance et notes).
Au cours de la première moitié du XXe siècle, de nombreux dons et legs, tant de matériel imprimé que manuscrit, ont enrichi la bibliothèque. On se souvient notamment du précieux don Gerolamo Gaslini en 1942 (60 manuscrits de la période humaniste et 120 incunables), du Fonds Umberto Fracchia reçu en 1982 (comprenant œuvres manuscrites et imprimées de caractère littéraire) et du Fonds Luigi Pelloux arrivé la même année (ouvrages principalement historiques et militaires).
La politique d’acquisition a également permis d’augmenter les collections au fil des ans : en 1954, une collection appartenant à la famille De Gaudenzi (3 700 éditions surtout liées à D’Annunzio et à la critique dannunzienne) fut achetée au Ministère de l’Instruction Publique. Plus récemment, l’acquisition du Fonds Rodocanachi, d’un grand intérêt pour l’histoire littéraire du XXe siècle. Depuis 2012, par convention avec la municipalité de Gênes, la Bibliothèque bénéficie en prêt à usage de la bibliothèque du grand poète et intellectuel Edoardo Sanguineti.
