彼の死後2年（1226年）に、バジリカの建設が始まり、モンテ・スバシオのピンク色の石を使い、二層構造の建物が形成されました。
下のバジリカはロンバルド・ロマネスク様式で、一つの身廊、クロスヴォールト、広いトランセプト、そしてジョット、チマブーエとその弟子たちによる美しいフレスコ画があります。中央祭壇の下にある小さな地下聖堂には聖人の遺骸が保管されており、聖遺物が置かれた部屋や稀少な彩飾写本、絵画、その他の貴重品を収蔵する宝物館も訪れることができます。
上のバジリカはゴシック様式を誇り、その建設は二つの礼拝堂の機能を明確に区別しました。聖人の聖遺物の巡礼者崇敬のための下のバジリカ、そして大規模な集会や公式の会合、教皇との会合も行われる場所である上のバジリカには、チマブーエのフレスコ画やジョットによる壮大な絵画シリーズ「聖フランチェスコの物語」が保存されています。28のシーンで構成され、風景や人物に投影された奥行きのある透視図法が際立っています。
1997年の地震は特にトランセプトの部分で上のバジリカを深刻に損傷し、2年以上閉鎖されました。アッシジは多くの教会がありますが、1265年に献堂されたイタリア・ゴシック様式のサンタ・キアラ教会は、フランチェスコの上のバジリカの形に似ています。
