C’est un musée dédié à l’histoire de la Confrérie. Les salles, aménagées en exposition permanente, renferment des objets et des images relatifs à près de 8 siècles de vie de la Confrérie. Dessins, aquarelles, peintures, objets sacrés de l’école florentine et objets liés à la tradition : comme la robe noire, le livre avec les premiers chapitres, les urnes utilisées pour les votes, le panier (zana), les petites cages, les premiers brancards avec lesquels, autrefois, les malades étaient transportés.
Le musée est un petit bijou également grâce au dévouement et à l’engagement de certains confrères qui travaillent à son amélioration et son extension continus.
Le bâtiment sur la piazza del Duomo, offert par les Médicis, abrite aussi d’autres œuvres précieuses qui font de notre patrimoine artistique une véritable fierté pour notre ville.
Une Madone de Ghiberti, la magnifique composition d’Andrea della Robbia qui surplombe l’autel de l’Oratoire, le magnifique Saint Sébastien martyr, patron de la confrérie, œuvre du célèbre sculpteur Benedetto da Maiano, ainsi que la célèbre Madone de la Miséricorde, accueillie dans un support en forme de petit temple, toujours dans l’Oratoire, de toute évidence de l’école florentine, spécialement réalisée pour notre Compagnie.
Le musée fait ainsi revivre, à travers ses objets, l’histoire de la plus ancienne Miséricorde du Monde, fondée en 1244.
 et se trouve à l’intérieur du siège de la Miséricorde sur la Piazza Duomo.){kind=link}