Le noyau originel de la collection est constitué par la bibliothèque de l’abbé Francesco qui, décédant à Rome en 1703, avait disposé que sa propre bibliothèque, conservée dans le palais de la via Condotti, soit destinée à la création d’une bibliothèque publique à Florence où, au moment de sa mort, il n’existait pas d’institution de ce type.
Un bâtiment neuf fut construit et on ne fit pas appel à l’adaptation d’un immeuble préexistant, comme cela avait été le cas pour de nombreuses bibliothèques ouvertes aux XVIIe-XVIIIe siècles.
La construction fut réalisée par le neveu du fondateur, Alessandro Marucelli, qui donna également ses propres livres et nomma bibliothécaire Angelo Maria Bandini, qui dirigea la Bibliothèque pendant environ cinquante ans. Parmi les bibliothécaires qui se sont succédé à la direction de l’institution, il convient de rappeler Francesco Del Furia, Guido Biagi, Desiderio Chilovi et Enrico Jahier qui, par leur compétence et leur activité, ont aussi eu une importance au niveau international.
C’est sous la direction de Bandini, en 1783, que la collection de dessins et d’estampes réunie par le dernier représentant de la famille, Francesco di Ruberto, entra à la Marucelliana. D’autres accroissements notables arrivèrent à la Bibliothèque à la suite des suppressions conventuelles, grand-ducales et napoléoniennes, puis enfin celle de 1866 dans les premières années du Royaume d’Italie. Cette augmentation permit l’entrée à la Bibliothèque de la majorité des cinquecentine et incunables actuellement possédés.
Dans la seconde moitié du XIXe siècle et au début du siècle suivant, divers fonds à caractère historique, artistique, littéraire et politique parvinrent et se constituèrent à la Bibliothèque tels que le legs Martelli, la collection Bonamici, la correspondance Nencioni, l’Art industriel, etc.
Suite à la loi de 1910, qui instituait le dépôt obligatoire des imprimés, la Marucelliana commença à recevoir les éditions imprimées dans les quatre arrondissements de la province de Florence, Pistoia, San Miniato et Rocca San Casciano. À ce jour, la Bibliothèque est destinataire des œuvres imprimées à Florence et dans sa province.
