Es un Museo dedicado a la historia de la Hermandad. Las habitaciones, destinadas a exposición permanente, guardan objetos e imágenes relacionadas con casi 8 siglos de vida de la Cofradía. Dibujos, acuarelas, pinturas, objetos sagrados de la escuela florentina y objetos ligados a la tradición: como la vestimenta negra, el libro con los primeros capítulos, los buzones utilizados para las votaciones, la cesta (zana), los atriles, las primeras camillas con las que en el pasado se transportaban a los enfermos.
El Museo representa una pequeña joya también gracias a la dedicación y el compromiso de algunos hermanos que trabajan en su mejora y ampliación continua.
El edificio en la plaza del Duomo, donado por los Medici, sin embargo, alberga también otras valiosas obras que hacen de nuestro patrimonio artístico una pequeña joya de nuestra Ciudad.
Una Madonna de Ghiberti, la magnífica composición de Andrea della Robbia, que domina el altar del Oratorio, el bellísimo San Sebastián mártir, patrón de la hermandad, obra del conocido escultor Benedetto da Maiano y aún la famosa Madonna de la Misericordia, acogida en el soporte de templete, siempre en el Oratorio, de segura escuela florentina hecha a medida para nuestra Compañía.
El Museo revive así con sus objetos la historia de la Misericordia más antigua del Mundo, nacida en 1244.
 y está dentro de la Sede de la Misericordia en la Plaza del Duomo.){kind=link}