En el corazón escondido de Nápoles, donde palpita el alma popular de la ciudad, a pocos pasos del Duomo y del Tesoro de San Gennaro, la presencia del Museo MADRE es también la oportunidad para rediseñar la vocación turística de un barrio rico en valores sociales por recuperar y en bienes culturales por redescubrir.
En marzo de 2003, el Ministerio de Bienes y Actividades Culturales y la Conferencia Unificada de las Regiones y Entidades Locales firman el Pacto para el Arte Contemporáneo, destinado a fomentar el incremento del patrimonio público, deliberando la identificación de una red de centros de excelencia para la promoción del arte contemporáneo.
De acuerdo con lo establecido en este pacto, en 2005 la Región de Campania adquiere el Palacio Donnaregina con fondos de la Comunidad Europea con la intención de constituir el primer Museo regional en Campania capaz de competir con los institutos museísticos de nivel internacional.
El 10 de junio de 2005, MADRE inaugura sus espacios con la apertura de las instalaciones site specific en las salas del primer piso. Sigue, en diciembre de 2005, la inauguración de la colección histórica alojada en el segundo piso.
Finalmente, en abril de 2006, la gran muestra antológica dedicada a Jannis Kounellis marca la apertura al público de las salas del tercer piso destinadas a exposiciones temporales.
En su colección están presentes obras de los artistas contemporáneos más importantes, italianos e internacionales: Jeff Koons, Anish Kapoor, Mimmo Paladino, Damien Hirst, Andy Warhol, Roy Lichtenstein, Michelangelo Pistoletto, Richard Serra, Robert Rauschenberg.

