La primera sede fue la antigua cárcel del siglo XVII de las Carceri Nuove de la via Giulia, construida por el Papa Inocencio X y que representó la joya de la política penitenciaria del Estado Pontificio.
El Museo criminológico de Roma se organizaba en varias secciones: sección del delito (con objetos relacionados con diferentes tipos de crímenes, desde la falsificación hasta el homicidio) – actividad estatal contra los delincuentes (con la representación de las técnicas investigativas) – ejecución de penas y medidas de seguridad (objetos procedentes de las cárceles denominados de manera sugestiva “malicias carcelarias”, es decir, artimañas inventadas por los detenidos para ocultar armas, evadirse o cometer actos de autolesión) y finalmente una sección histórica que contiene bandos y edictos, instrumentos de tortura y de ejecución capital.
En 1968 el Museo Criminal fue desmantelado para destinar los locales de las Carceri Nuove a otro uso, y desde 1975 se aloja en el Palazzo del Gonfalone, edificio que data de 1827, construido por el Papa León XII para destinarlo a casa de corrección para jóvenes menores provenientes de la cárcel clementina ubicada en el hospicio apostólico de San Miguel.
El Museo Criminológico constituye un valioso testimonio histórico sobre los sistemas punitivos del pasado y una herramienta didáctica para las escuelas y los institutos de formación.
