La primera sede fue constituida por la antigua prisión del siglo XVII de las Carceri Nuove en la via Giulia, construida por el Papa Inocencio X y que representó la joya de la política penitenciaria del Estado Pontificio.
El Museo criminológico de Roma se articulaba en varias secciones: sección del delito (con piezas relacionadas con diversos tipos de crímenes, desde la falsificación hasta el homicidio) – actividad estatal contra los delincuentes (con la representación de las técnicas investigativas) – ejecución de las penas y de las medidas de seguridad (objetos provenientes de las cárceles definidos de manera sugestiva como “malicias carcelarias”, es decir, subterfugios inventados por los presos para ocultar armas, para evadirse, para cometer actos de autolesión) y finalmente una sección histórica que contiene bandos y edictos, instrumentos de tortura y de ejecución capital.
En 1968 el Museo Criminal fue desmantelado para destinar los locales de las Carceri Nuove a otro uso, y desde 1975 está alojado en el Palacio del Gonfalone, edificio que data de 1827, construido por el Papa León XII para destinarlo como casa de corrección de jóvenes menores provenientes de la cárcel clementina situada en el hospicio apostólico de San Michele.
El Museo Criminológico constituye un valioso testimonio histórico sobre los sistemas punitivos del pasado y una herramienta didáctica para las escuelas y los institutos de formación.
