La première succursale a été créée dans l’ancienne prison du XVIIe siècle des Carceri Nuove de la via Giulia, construite par le pape Innocent X et qui représentait le fleuron de la politique pénitentiaire de l’État pontifical.
Le Musée criminologique de Rome se composait de plusieurs sections : section du crime (avec des objets relatifs à différents types de délits, de la falsification au meurtre) – activité étatique contre les délinquants (avec la représentation des techniques d’enquête) – exécution des peines et des mesures de sécurité (objets provenant des prisons qualifiés de manière suggestive de « malices carcérales », c’est-à-dire des subterfuges inventés par les détenus pour cacher des armes, s’évader, ou commettre des actes d’automutilation) et enfin une section historique contenant des annonces et éditos, des instruments de torture et d’exécution capitale.
En 1968, le Musée Criminel a été démantelé pour destiner les locaux des Carceri Nuove à un autre usage, et depuis 1975 il est hébergé dans le Palazzo del Gonfalone, bâtiment datant de 1827, construit par le pape Léon XII pour en faire une maison de correction pour les jeunes mineurs venant de la prison Clementine située près de l’hospice apostolique de San Michele.
Le Musée Criminologique constitue un précieux témoignage historique sur les systèmes punitifs du passé et un outil pédagogique pour les écoles et les instituts de formation.

